Оппозиция была разгромлена, удельное княжество в Угличе ликвидировано. Острый политический кризис остался позади. Светской власти удалось преодолеть раздор с церковным руководством. Воспользовавшись визитом в Москву константинопольского (царьградского) патриарха Иеремии, правительство в 1589 г. учредило московское патриаршество. Патриарший престол занял Иов, один из самых рьяных сторонников Бориса. Для Годунова эта акция стала крупным политическим успехом. Покончив с оппозицией, Борис использовал благоприятную ситуацию, чтобы окончательно забрать в свои руки все нити управления. Он наводнил Боярскую думу своими родственниками и приверженцами.
Одно из первых мест в думе занял бывший опричник Д. И. Годунов. Боярство получили троюродные братья Бориса—Степан, Григорий и Иван, начинавшие свою карьеру в качестве рядовых новгородских помещиков {. В чине окольничего в думе стал заседать Я. М. Годунов. За Годуновыми потянулись в думу их однородцы — «великие» Сабуровы и вовсе худородные Вельяминовы. Боярский чин был возвращен Б. Ю. Сабурову, долгие годы находившемуся в казанской ссылке. С титулом окольничего в думу вошли И. И. Сабуров (к 1585 г.), С. Ф. Сабуров (в 1591 г.), Д. И. Обиняков-Вельяминов (к 1593 г.)2. В ведение семьи Годуновых перешли некоторые важнейшие приказные ведомства: Б. Ф. Годунов возглавил Конюшенный приказ, Г. В. Годунов — Большой дворец.
Положение Годунова в качестве правителя государства подкреплялось громадным личным состоянием. Вместе с должностью конюшего Борис получил от казны крупные земельные