Поверхностные воды Южной Якутии формируются в условиях горных ландшафтов зоны средней тайги и повсеместного присутствия многолетней мерзлоты. Воды пресные, гидрокарбонатно-кальциево-магниевые. Вода рек бассейна Токко и Чульман характеризуется в основном гидрокарбонатнм составом. Жесткость воды в реках не превышает 1,5 мг-экв/л (очень мягкая вода) и лишь в период зимней межени она составляет 1,5-3,0 мг экв/л (мягкая вода). Концентрация ионов водорода (pH) изменяется в пределах 6,0-8,0. В летний период вода на всем протяжении реки обладает выщелачивающей агрессивностью (НСО3<2,0 мг-экв/л).
Содержание аммонийного азота в водотоках в пределах ПДК рыбохозяйственных водоемов и составляет от 0,19 до 0,41 мг/дм³. Концентрация нитрит-иона незначительные (от < 0,005 и до 0,01 мг/дм³). Содержание нитратов в воде не выходит за пределы допустимых норм (от < 0,1 – 0,8 до 2,76 мг/дм³).
Содержание фосфат-иона в воде водотоков значительно ниже ПДК 0,05-0,07 мг/дм³. Содержание фенолов изменяется от , 0,0005 до 0,0028 мг/дм³ (2,8 ПДК). Концентрация железа в воде изменяется в пределах от < 0,1 до 1,15 мг/дм³ при ПДК = 0,1 мг/дм³ (в среднем составляя 6,2 ПДК). Содержание меди в природных водах высокое и колеблется от менее 0,0005 до 0,178 мг/дм³ при ПДКрх 0,001 мг/дм³. Тем не менее, необходимо отметить, что содержание меди в водотоках не превышает нормативы хозяйственно – питьевых водоемов, которые составляют 1,0 мг/дм³. Содержание цинка в реках от < 0,005 до 0,09 мг/дм³ (9,0 ПДКрх), марганца – от < 0,0003 до 0,05 мг/дм³ максимально (5,0 ПДКрх).
Содержание ртути составляют на Таежном участке от < 0,05 до 2,16 мкг/дм³, на Десовском от < 0,05 до 1,31 мкг/дм³ (до 131 – 216 ПДКрх).
Содержание стронция, бария, лития, хрома, свинца, никеля, кобальта, кадмия, ванадия ниже ПДКрх.