Выбор программного обеспечения. Набор оборудования, связанного коммуникационными линиями, превращается в информационную систему, лишь получив свое внутреннее содержимое - программное обеспечение ПО и данные.
Сама архитектура современных сетевых операционных систем ОС в значительной степени защищает их от некорректного обращения, и потому лишь немногие действия прикладных программ или драйверов периферийных устройств способны привести к их краху. Большинство бизнес-приложений сертифицированы для работы с популярными ОС. Тем самым фирма-разработчик операционной среды гарантирует корректную инсталляцию и работу приложения в данной ОС. Многообразие периферийных устройств усложняет организацию обращения к ним из ОС и прикладных программ.
Поэтому системные интеграторы рекомендуют при выборе операционной среды обращать особое внимание на ее оснащенность драйверами и утилитами, перекрестную сертификацию оборудования и ПО, а также избегать использования доморощенных приложений. Помимо потенциальной несовместимости, последние имеют еще один недостаток - отсутствие поддержки производителя.
Среди сетевых операционных систем, используемых в России, наиболее популярны Microsoft Windows NT и Novell NetWare, причем в оценках доли рынка каждой из них мнения интеграторов расходятся. До недавнего времени NetWare лидировала со значительным отрывом, чему способствовало большое число специалистов и компаний, сертифицированных Novell. Сейчас этот разрыв достаточно быстро сокращается, растет число компаний со статусом Microsoft Solution Provider.
Увеличение интереса к продуктам Microsoft во многом вызвано политикой компании, разумно вкладывающей значительные средства в обучение партнеров, в частности спонсирующей сдачу экзаменов системными инженерами Novell по курсам Microsoft. Что же касается Unix-систем, они поддерживаются ограниченным числом интеграторов и, видимо, большей частью ориентированы на российские отделения зарубежных компаний, исторически приверженных операционной системе UNIX.