USB-ключи достаточно привлекательны, поскольку USB стал стандартным портом для подключения периферийных устройств и организации не нужно приобретать для пользователей какие бы то ни было считыватели.
Аутентификацию на основе смарт-карт и USB-ключей сложнее всего обойти, так как используется уникальный физический объект, которым должен обладать человек, чтобы войти в систему. В отличие от паролей, владелец быстро узнаёт о краже и может сразу принять необходимые меры для предотвращения её негативных последствий. Кроме того, реализуется двухфакторная аутентификация. Микропроцессорные смарт-карты и USB-ключи могут повысить надёжность служб PKI- Public Key Infrastructure: смарт-карта может использоваться для безопасного хранения закрытых ключей пользователя, а также для безопасного выполнения криптографических преобразований. Безусловно, данные устройства аутентификации не обеспечивают абсолютную безопасность, но надёжность их защиты намного превосходит возможности обычного настольного компьютера.
Для хранения и использования закрытого ключа разработчики используют различные подходы. Наиболее простой из них - использование устройства аутентификации в качестве защищенного носителя аутентификационной информации: при необходимости карта экспортирует закрытый ключ, и криптографические операции осуществляются на рабочей станции. Этот подход является не самым совершенным с точки зрения безопасности, зато относительно легко реализуемым и предъявляющим невысокие требования к устройству аутентификации. Два других подхода более безопасны, поскольку предполагают выполнение устройством аутентификации криптографические операций. При первом пользователь генерирует ключи на рабочей станции и сохраняет их в памяти устройства. При втором пользователь генерирует ключи при помощи устройства. В обоих случаях, после того как закрытый ключ сохранён, его нельзя извлечь из устройства и получить любым другим способом.