До головних принципів захисту національних інтересів України у духовно-релігійній сфері відносять такі:
- пріоритет прав людини; верховенство закону; єдине правове поле для усіх суб'єктів державно-церковних відносин незалежно від їхнього громадянства, фінансових можливостей та політичного впливу;
- суворе дотримання балансу між інтересами окремого громадянина, громади віруючих, конфесії, суспільства, держави та їхня взаємна відповідальність щодо захисту національних інтересів у духовно-релігійній сфері;
- своєчасність та адекватність дій держави стосовно реальних загроз національній безпеці України з метою захисту національних інтересів у духовно-релігійній сфері;
- пріоритет ненасильницьких договірних засобів при вирішенні як внутрішніх, так і зовнішніх конфліктів у сфері духовно-релігійних відносин;
- відповідність основних принципів забезпечення національної безпеки України у духовно-релігійній сфері загальноєвропейській та світовій системам безпеки та її інтеграція до цих систем.