Эксперты имеют на этот счет разные мнения. Специалисты по водным ресурсам и ирригации, как правило, полагают, что наводнения обусловлены обильными осадками и недостатками гидротехнических сооружений. Экологи же считают, что основная причина — глобальные нарушения в экосистемах (сведение лесов, эрозия почв и т. д.).
Природные факторы. Известные течения Эль-Ниньо и Ла-Нинья повлияли на погоду в 1998 г. гораздо сильнее, чем в предыдущие годы. С ноября 1997 г. по февраль 1998 г. не прекращались обильные снегопады на Тибетском нагорье, где берет начало река. Количество осадков в бассейне с ноября 1997 г. по август 1998 г. превысило среднее в 1,5 раза. Интервал между двумя максимальными подъемами уровня воды был очень коротким (4 дня). Сказалась и чрезвычайно неблагоприятная комбинация пиков половодья на притоках. Обычно на северных и южных притоках паводки заметно разнесены по времени. На этот раз вода из всех притоков хлынула в основное русло почти одновременно.
Изменение условий стока. Сельскохозяйственные работы в прибрежной зоне местами привели к заметному сужению русла реки и ее притоков и уменьшению водостока.
Уменьшение вместимости водоемов. Уже говорилось о значении сообщающихся с Янцзы озер как естественных регуляторов стока. Но осушение и заиливание год от года уменьшают их вместимость. В 1950-е годы в средней и нижней части бассейна озера занимали 22 тыс. км2, а в 1980-е — 12 тыс. В 1949 г. Янцзы сообщалась с озерами площадью 17 198 км2, а в 1984 г. их площадь сократилась до 6605 км2. В провинции Хубэй в 1950-е годы насчитывалось 1066 озер общей площадью 8300 км2, а к 1985 г. их осталось 192 площадью 2656 км2. Площадь оз. Дунтинху в 1825 г. составляла 6300 км2, в 1950-е годы — 4000 км2, а ныне — 2400 км2. За год в нем накапливается около 160 млн т ила.
Сведение лесов. С ростом численности населения леса непрерывно вырубали, расширяя сельхозугодья. В 1950-х годах в верховьях бассейна леса занимали 40% территории, ныне — 10%. В 1950-е годы эрозия затронула 360 тыс. км2, ныне — 562 тыс. За год эрозия уносит свыше 2 млрд т почвы.
Леса играют важнейшую роль в обеспечении почвы влагой. Кроны деревьев удерживают 10–30% осадков, а опавшая листва — 20–40 т воды на 1 км2 в час. Пиковый сток в 1998 г. (56 400 м3/с) был далеко не рекордным. За последние 23 года он достигал 60 000 м3/с и более, но уровень воды был ниже, чем в 1998 г., — леса защищали от наводнений. По мнению экспертов, дополнительные 10 млн га лесов в верховьях способны стабилизировать сток в течение года.