Вміст магнію в організмі гідробіонтів залежить від того, в якій воді – морській чи прісній вони мешкають. Так, у гемолімфі морських молюсків мідій (Mytіlus), устриць (Ostrea), морських слимаків (Strombus) його вміст становить 55–58 ммоль/дм3, а прісноводної беззубки (Anodonta) і живородки (Vіvіparus) – тільки 0,19 і 0,31–0,37 ммоль/дм3. У морських ракоподібних, до яких належать лангусти (Palіnurus) і креветки (Palaemon), концентрація магнію в гемолімфі становить відповідно 16,6 і 12,6 ммоль/дм3. Значно більша вона у краба (Carcіnus) – 23,6 ммоль/дм3. В прісноводних ракоподібних, які мешкають у водоймах з концентрацією магнію 0,21 ммоль/дм3, вміст магнію досягає у гемолімфі американського річкового рака (Cambarus ) – 4,3 ммоль/дм3, у щитнів роду Trіops – 0,9 ммоль/дм3.
Співставлення концентрацій магнію у гемолімфі морських і прісноводних молюсків і ракоподібних свідчить, що у морських організмів вона не тільки вища, але й коливається значно менше, ніж у прісноводних форм. Це відображає більш стабільний іонний склад морської (океанічної) води в порівнянні з прісними водами.
У морських костистих риб концентрація магнію в плазмі крові значно менша, ніж у біологічних рідинах безхребетних. Так, в крові вудильщика (Lophіus piscatorius) вона не перевищує 6 ммоль/дм3, а у напівлусковика (Hemіlepіdotus gilberti) – 2,5 ммоль/дм3. У міксин (Myxіne) вміст магнію у крові значно вищий і коливається в межах 28–29 ммоль/дм3. Концентрація магнію в крові личинок прісноводних міног (Petromyzon) не перевищує 1,6, а у дорослих досягає 1,9, у костистих риб коливається в межах 0,6–2,1 ммоль/дм3.
Обмін магнію у морських риб має багато спільних рис з обміном кальцію. Заковтуючи солону морську воду, риби повинні виводити надлишок солей, тому в їхньому кишковому тракті інтенсивно всмоктуються натрій і хлор, які виводяться з організму нирками при формуванні концентрованої сечі. Значна кількість Mg2+, як іСа2+ та SO42–, які надійшли у кишечник з морською водою, всмоктуються дуже повільно, в зв’язку з чим більша кількість цих іонів залишає організм з екскрементами. Та ж частина, яка всмокталася, виводиться через нирки. Завдяки секреторному процесові концентрація Mg2+ і SO42–в сечі морських риб може в десятки разів перевищувати їх концентрацію в крові. У міног, які мігрують в розбавлену морську воду біля витоку річок, магній і сульфати виводяться з організму як через нирки, так і через кишечник. У нирках морських риб перехід двовалентних іонів з крові в сечу відбувається шляхом секреції. Завдяки такому механізму при підвищенні їх плазменої концентрації екскреція магнію, тіосульфату та сульфату з сечею досягає максимального значення.
У прісноводних риб магній виводиться з організму також шляхом секреції нирками. На відміну від морських риб, у яких сеча гіпертонічна, у прісноводних вона різко гіпотонічна. На підставі аналізу особливостей регуляції концентрації неорганічних іонів в організмі водяних тварин різних систематичних груп можна зробити висновок, що рівень магнію в крові у водяних хребетних невисокий, а співвідношення (Na+ + K+)/(Ca2+ + Mg2+) більш високе, ніж у біологічних рідинах тіла безхребетних. Морські хребетні можуть регулювати вміст кожного іона у своєму організмі. При цьому вміст Mg2+ у тілі морських костистих риб значно більший, ніж у прісноводних.