В идеальной экосистеме потоки синтеза и деструкции органического вещества должны быть сбалансированы, т.е. его сток в литосферу не происходит. В действительности это не так. За геологическую историю Земли огромная масса органического углерода (керогена) поступила в осадочные породы. Соответствующее этой массе количество кислорода поступало в атмосферу. Основная часть расходовалась на окисление горных пород. Остальное обеспечивало рост или поддержание концентрации свободного кислорода в атмосфере и гидросфере.
Сток углерода в литосферу компенсировался поступлением двуокиси углерода из недр Земли. Количественные оценки этого процесса будут даны при рассмотрении цикла углерода в биосфере.