Основная мера предупреждения эвтрофикации водоемов – сокращение поступления азота, и особенно, фосфора. Пути ее осуществления могут быть разные.
В густо населенных районах основная масса биогенов поступает из точечных источников. Это промышленные и сельскохозяйственные предприятия, а также коммунально-бытовые стоки. В таких случаях лучший эффект дает очистка стоков, использование моющих средств с меньшим содержанием фосфора и отведение стоков за пределы водосбора.
В зонах интенсивного земледелия эвтрофикацию вызывают азотные и фосфорные удобрения, поэтому источники рассеяны на большой территории. Их трудно контролировать. Здесь важна технология применения удобрений. Другой путь защиты водоемов – биологические методы очистки с помощью макрофитов, перехватывающих в прибрежной полосе биогены, поступающие в водоем. Дикий рис, бекмания, канареечник дают огромную фитомассу, которую используют на корм скоту. Для охраны небольших водоемов достаточно обустройство или облесение прибрежной полосы. Так, в условиях Московской области полоса шириной 30 м задерживает поступление биогенов с поля длиной 200 м. На малых водотоках и водоемах перспективно разведение растительноядных рыб. Такой подход используют в зонах поливного земледелия.
Эвтрофикацию может вызвать и изменением гидрологического режима водоема. Сильнейшим фактором является снижение турбулентности вод и регулирование стока рек. Так, после падения уровня оз. Севан на 18 м стал наблюдаться дефицит кислорода и скопления цианобактерий. Развитые страны в этих случаях аэрируют придонные воды, дестратифицируют водную массу и т.д.