На государственном (федеральном) уровне управление осуществляется Президентом, Федеральным собранием, Правительством РФ и специально уполномоченными на то органами. Главными из последних являются Министерство природных ресурсов РФ, Государственный комитет РФ по охране окружающей среды (Госкомэкологии России), Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет) и Министерство РФ по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России).
Важнейшая задача - ликвидация последствий экологических катастроф, независимо от причины, их вызвавшей, возложена на МЧС России.
Указом президента РФ от 17.05.2000 г. и соответствующего Постановления Правительства РФ Госкомэкологии РФ был упразднен, а его функции переданы Министерству природных ресурсов России. Особенностью преобразования ныне структурных природоохранных органов страны является переход на трехзвенную систему управления:
федеральный уровень управления;
управление по семи федеральным округам;
управление по субъектам РФ (краям, областям и т.д.).