Қазіргі таңда экология ғылымы зерттелетін объектілердің ерекшеліктеріне қарай бірнеше бөлімдерден тұрады.
Аутэкология (грек autos-өзім) жеке организмдердің қоршаған ортамен қарым- қатынасын зерттейтін экология бөлімі. Аутэкология ұғымын алғаш рет 1896ж Шретер особьтар экологиясы үшін қолданды.Аутэкология организмдердің өлі материядан айырмашылығы ; зат алмасу, көбею өзгергіштік ж/е тұқымқуалаушылық өсуі мен дамуы, тітіргеніштігі қозғалысы ж/е бейімдеушілік қасиеттері бар тіршілік иелері ретінде қарастырады.
Демэкология немесе популяциялар экологиясы – қоршаған орта факторларының популяцияға әсерін, популяция санының өзгеруін зерттейді. Бір түрге жататын организмдердің топ құрып тіршілік ету ерекшеліктері, биологиялық құрылымы табиғаттағы сан мөлшерінің реттелуі мен ауыл шаруашылығындағы маңызы туралы мәліметтерді қарастырады.
Эйдэкология (грекше eidos түр ) түр мен оның популяцияларын органикалық дүние дамуының жоғары деңгейі тұрғысында қарастырады.Өйткені особь , популяция белгілі бір нақты түрлердің өкілдері. Сондықтан эйдэкология – особь , популяция , түр, биоценоз, биогеоценоз биосфера деңгейіндегі қарым – қатынастар туралы зерттеулер жүргізеді.
Синэкология (грек syn-бірге) н/е қауымдастықтар экологиясы(биоценология)- биоценоз түзетін әр түрге жететін өсімдіктер, жануарлар ж/е микроорганизмдер популяцияларын, олрдың түзілуін, дамуын құрылымын өзгеруін ж/е қоршаған ортамен қарым- қатынасын зерттейді.Осы бағыттардың негізінде жаңа жалпы биосфераның мәселелерін қарастыратын – Ғаламдық экология
Жалпы экологияның негізінде: экологиялық морфология, экологиялық физиология, экологиялық систематика, экологиялық генетика, биохимиялық экология сияқты жаңа пәндер пайда болды. Бұл деңгейлерді экологияның жаңа бөлімі эндоэкологиязерттейді.