Итак, каждая особь имеет два полных набора генов, а следовательно, может быть два различных аллеля любого гена. В крупной популяции может быть множество аллелей многих тысяч генов, входящих в генотипы составляющих ее организмов.
Совокупность всех генов аллелей популяции называют популяционным генофондом, а все генные аллели всех популяций данного вида составляют его видовой генофонд. Одни аллели видового генофонда широко распространены, и их копии можно встретить почти у каждого представителя вида. Другие, напротив, обнаруживаются лишь у нескольких особей. При размножении особь передает копии своих аллелей потомству Если же особь не размножается, эти аллели исчезают вместе с ее смертью. Таким образом, генофонд вида непостоянен и может меняться от поколения к поколению.
Если в результате мутации возникает новый аллель и обладающие им особи размножаются успешнее других представителей вида, то этот генный вариант все больше распространяется в популяции. В то же время любой новый аллель, препятствующий размножению организма, исчезает из популяции вместе с гибелью несущей его особи.