После полосы реформ 60-70-х гг. роль Госсовета ослабла. Александр III предпочитал обсуждать законопроекты в более узком кругу доверенных лиц, сменил председателя Госсовета , учредил в 1884 г. при нем "Особое присутствие для предварительного рассмотрения всеподданнейших жалоб на определения Сената" с функциями надзора за высшим судебным органом. Значение Госсовета падало, принижалось, часть его функций была передана другим высшим учреждениям Собственная Его Императорского Величества канцелярия сохранила обособленный статус при некотором изменении функций и внутреннего устройства. перераспределении дел между отделениями. Роль ее была нестабильной: она то усиливалась, то слабла в отдельные годы.
В 60-70-х гг. уменьшилось ее значение как чрезвычайного высшего учреждения, приданного ей Николаем I. Канцелярия рассматривала предварительно все проекты, вносимые министерствами в Госсовет. Второе отделение участвовало в разработке концепций, проектов реформ, составляло свои проекты такого рода реформ, редактировало и давало отзывы об общегосударственных проектах. Им подготовлены тома второго издания полного собрания законов, переизданы отдельные тома Свода законов Российской империи. В 1882 г. Второе отделение упразднено, предметы ведения переданы в Госсовет.
Изменялись функции и Третьего отделения, внутри которого неоднократно перераспределялись предметы ведения между его пятью экспедициями. Отделение собирало материалы, готовило обозрения общественно-политической жизни, состояния местной власти и управления, наблюдало за деятельностью общественно-политических организаций, за прессой, руководило дознаниями по политическим делам, репрессивно-карательными мерами с помощью отдельного корпуса жандармов. Возглавляли это особое отделение канцелярии в 60-70-е гг. наиболее доверенные царские генералы: В. А. Долгоруков, П. А. Шувалов, А.Л. Потапов, Н.В. Мезенцев и др. В условиях подъема массового общественного движения, возникновения острой критической ситуации на рубеже 70- 80-х гг. сложилось мнение о слабости отделения, которое не справилось с задачами, оно было упразднено, а дела его переданы в ведение МВД, объединившего все репрессивные карательные органы в мощное централизованное административно-полицейское ведомство.
Четвертое отделение канцелярии преобразовано. На его основе 12 августа 1880 г. учреждена собственная Ее Императорского Величества канцелярия, ведавшая делами и учреждениями императрицы Марии.
Оставшееся Первое отделение развернуто в собственную Е.И.В. канцелярию, которая обрела значение ближней канцелярии царя и высшего органа государственного управления. Усилены ее функции по вопросам заведования личным составом чиновников всего государственного аппарата. Кадры чиновников включены в сферу непосредственного императорского ведения, стали его номенклатурой. В 1894 г. при канцелярии стали функционировать инспекторский отдел и комитет по службе статских чинов, по наградам. В канцелярии сосредоточены все назначения, увольнения, производства в чины, награждения. Комиссия прошений преобразована в канцелярию по принятию прошений, на высочайшее имя приносимых, наделена правом законодательной инициативы в соответствии с характером высшего учреждения.
Канцелярия выполняла функции своеобразного высшего органа, использовалась императорами для обеспечения личного влияния, централизации всей системы государственного управления. В начале XX в. отмечено ее 100-летие.