Прежде всего, контролер обязан соблюдать требования законодательства РФ, нормативно-правовых актов соответствующих ведомств, регулирующих деятельность контролера.
Общей для всех контролеров является обязанность обеспечивать сохранность и возврат полученных оригиналов документов, файлов и т.д.
Контролеры не должны вмешиваться в оперативную деятельность проверяемого субъекта, а также не должны разглашать свои выводы до завершения проверки и оформления ее результатов в виде акта. Контролеры должны соблюдать государственную, служебную и коммерческую тайну.
Контролер должен обеспечивать полное документирование каждого факта проверки и оформлять заключение по результатам проверки. Составление заключительного документа по результатам проверок является обязательным для контролера.
Специфические обязанности есть у аудиторов (должны предоставлять необходимую информацию о требованиях законодательства), внутренних контролеров (должны разрабатывать рекомендации, контролировать их исполнение, консультировать работников, своевременно информировать руководство).