Третьей стадией бюджетного процесса является исполнение бюджета.
В настоящее время устанавливается казначейское исполнение бюджетов. На органы исполнительной власти возлагаются организация исполнения и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Указанные органы являются кассирами всех распорядителей и получателей бюджетных средств и осуществляют платежи за счет бюджетных средств от имени и по поручению бюджетных учреждений.
Бюджеты исполняются по доходам и расходам. В частности, Федеральное казначейство регистрирует все операции, связанные с поступлением в федеральный бюджет доходов и поступающих из источников финансирования дефицита федерального бюджета, а также с санкционированием и финансированием расходов федерального бюджета, в Главной книге Федерального казначейства. Федеральное казначейство ведет сводный реестр получателей средств федерального бюджета. Данные Главной книги казначейства являются основой формирования отчетов об исполнении федерального бюджета.
Исполнение федерального бюджета и иных бюджетов завершается 31 декабря.