Объявление палаты общин носителем верховной власти. После этих событий парламент, в лице пресвитерианского большинства, продолжил свои попытки добиться соглашения с королём. Эти переговоры с полностью себя дискредитировавшим монархом оживили крайние настроения в армии, где было сильно влияние левеллеров, и привели к обострению отношений с парламентом (движение в армии, целями которого были наказание короля и окончательное свержение монархии). В попытке столкнуть между собой две основные группы своих противников - левеллеров и индепендентов – парламент выпускает из лондонской тюрьмы Тауэр лидера левеллеров Джона Лильберна в надежде, что он подвергнет критике действия индепендентской армейской верхушки и тем самым внесёт раскол в ряды оппонентов пресвитериан. Но эти ожидания не оправдались: Лильберн заявил о своей поддержке Кромвелю в его действиях, тем самым, значительно ухудшив положение парламента. 16 ноября была опубликована «Ремонстрация армии», составленная при непосредственном участии зятя Кромвеля Генри Айртона (1611-1651), бывшего одним из его ближайших соратников.
В этом документе указывались как экономические требования, касавшиеся армии (выплата жалования и т. д.), так и политические, касавшиеся уже всего населения страны (права и свободы всем жителям Англии). Следующим шагом стала так называемая «Прайдова чистка» (6 декабря), когда с помощью военного отряда под руководством полковника Прайда из палаты общин были насильно выдворены все пресвитериане, власть в стране перешла в руки индепендентов.
Из 143 членов палаты осталось всего порядка 50 человек или «охвостье» Долгого парламента, просуществовавшее до самого его закрытия в 1653 году. Кромвель, всё это время находившийся на севере, вернувшись в столицу, одобрил «чистку.
Его отсутствие объяснялось тем, что Кромвель не знал какую позицию занять по политическим вопросам. 23 декабря палата общин выпускает постановление, в котором говорится, что король является главным виновником всех несчастий страны. 1 января 1649 года своим решением она объявляет короля главным виновником гражданской войны против парламента, союзником ирландцев и шотландцев в борьбе с английским государством. Но палата лордов в свою очередь отвергает это решение, что в течение нескольких дней приводит к её роспуску. 4 января палата общин принимает при закрытых дверях постановление, передававшее ей всю полноту власти: она становится носителем верховной власти в Англии, постановления которой имеют силу закона без согласия короля и палаты лордов.
В документе было написано «… общины Англии, заседающие в парламенте, объявляют, что народ после бога является первоисточником (the original) всякой справедливой власти.
Они также объявляют, что общины Англии, заседающие в парламенте, будучи избранными и представляя народ, имеют высшую власть в этой стране.
Они также объявляют: что постановлено или объявлено как закон общинами, заседающими в парламенте, имеет силу закона и обязательно для народа этой страны, хотя бы и не было на это согласия или подтверждения короля и палаты лордов».