Инквизиция постепенно росла, крепла и, наконец, превратилась в государство в государстве. Ее бюрократия превышала королевскую, тоже немалую. Например, во всех портах имелись так называемые посетители судов, каждый из которых сопровождался писцом, переводчиком и вспомогательным служащим; эти бригады обследовали прибывавшие суда и конфисковывали еретические материалы. Вся инквизиторская бюрократия оплачивалась казной.
Было и много платных осведомителей. Стать таковым для простого человека означало освободиться от налогов, аристократам полагалась особая награда. Эти осведомители были влиятельны в кортесах и муниципальных советах.
Король назначал главного инквизитора, но только Папа Римский мог отлучить его от должности, так как главный инквизитор был папским представителем. Главный инквизитор назначал всех, кто ему был подчинен. Правила и процедуры были секретом для народа, а с 1613 г. даже для короля. Любая анонимка принималась к рассмотрению. Более того, заточенному в тюрьму не сообщали причину ареста. Любой домысел или слух о еретическом поведении воспринимались для обвинения как твердо установленный факт. Смертная казнь не могла быть приведена в исполнение инквизицией, поэтому обвиненных в ереси передавали для сожжения на костре королевскому палачу. С 1543 по 1648 г. было сожжено 1379 человек, а осужденных за тот же период было 19 247. Сотни людей умерли в тюрьмах без суда. Это особенно справедливо по отношению к периоду потери независимости 1580—1640 гг., когда испанская инквизиция задавала тон и в Португалии.
Развитие заморской торговли привело к росту португальских купцов, количество которых в Лиссабоне достигло максимума в 1550 г. Их было более восьмисот на стотысячный город. Конкуренция с королем, знатью, а главное, с гораздо более богатыми зарубежными купцами, которым доставались самые прибыльные дела, спустя столетие привела к их увяданию. Главной причиной неудач португальских купцов были особенности их культуры: владея всей внутренней торговлей, они медленно реинвестировали деньги, отрывая их на некоммерческие цели, а именно, на церковь; они не рисковали, не были корпоративными людьми и, будучи многочисленными и относительно бедными, не образовывали больших компаний и трестов, опасаясь того, что такие объединения поглотят и разорят их. Такие опасения до сих пор живы в португальском бизнесе и являются одной из особых черт португальской культуры.
Наконец, инквизиция была постоянной угрозой тем, кто осмеливался развивать контакты с зарубежьем. Особенно сурово инквизиция следила за купцами и использовала все поводы для конфискаций. Это было связано с тем, что многие португальские купцы были одними из главных распространителей опыта межкультурного и межконфессионального общения, к тому же некоторые из них были новыми христианами, а инквизиция ставила своей целью бороться с иудаизмом, в котором она подозревала новых христиан. Португальские купцы покидали Португалию, развивая свой бизнес в Антверпене, Брюгге, Амстердаме или Лондоне. С середины XVI в. количество португальских купцов стало быстро уменьшаться. В Европе шел процесс концентрации капитала, и португальские купцы не выдерживали конкуренции с крупными зарубежными компаниями [2, 288—293].
В стране была установлена строгая цензура. Она появилась в 1520 г., но была поверхностной. После появления инквизиции в 1540 г. все книжные магазины регулярно стали инспектироваться. Спустя некоторое время инквизиция получила право посещать частные дома после смерти человека, обладавшего (даже по слухам) книгами и рукописями.
В 1543 г. первый список запрещенных книг появился в Италии, затем в Испании (1546) и, наконец, в Португалии (1547). Португальский список содержал лишь 160 иностранных наименований. Четыре года спустя он разросся до 495, в том числе 13 португальских и испанских. С тех пор до середины XVII в. этот список постоянно обновлялся и расширялся. В нем регулярно увеличивалось число португальских запрещенных изданий: 50 книг в 1561 г., 94 в 1581 г. и 330 в 1624 г. Запрещалось все, что было противно «нашей святой Вере и хорошим обычаям». Под запрет попали все классики португальской литературы, например, части произведений гениального Камоэнса. Книги, не запрещенные полностью, владельцы, в том числе и книготорговцы, должны были приносить в инквизицию, где некоторые страницы вырывались. Запрещенные книги сжигались.
Инквизиция не имела монополии на цензуру. Король и епископы занимались тем же. Так что книги подвергались тройной цензуре, и некоторые из них изымались из пользования спустя годы после их издания. Португалия была отрезана от научного и культурного прогресса в Европе, появилась подпольная литература, но она никогда не пользовалась значительным влиянием.
Анализ книг, изданных с середины XVI до конца XVII в., показывает, что их было мало (по две книги в год), но научных изданий было еще меньше. Большой вклад в развитие науки XVII в. сделали протестанты, например, Исаак Ньютон, но его книги в Португалии были запрещены [2, 301—303].
Со второй четверти XVI в. в Португалии началась реформа католической церкви, как реакция на протестантизм. Не вдаваясь во все детали, можно упомянуть лишь о некоторых: частная собственность монахов была запрещена, изменились методы привлечения в ордена и формы избрания аббатов, акцент был сделан на дисциплине и повиновении. Воинский аспект религиозно-военных орденов угас. Многие монастыри были объединены, а некоторые ликвидированы ради укрепления материальной базы оставшихся. Но число орденов, монастырей и монахов продолжало расти. Каждый король, королева, аристократ и даже буржуа тратили большие, порой неимоверные деньги на эти цели. В течение XVI в. было построено более сотни новых монастырей, и их число достигло в 1628—1630 гг. 450. При этом монархия укрепила свое положение тем, что подчинила себе в 1550 г. два богатых ордена Сантьяго и Авис.
Самым мощным был орден иезуитов. Главным объектом их внимания была молодежь, и иезуиты сумели монополизировать образование в стране. Университет в Коимбре с 1576 г. стал государственным институтом, и его устав с 1612 г. не подвергался изменениям более столетия. В университете были все уровни образования — от начального до высшего. Университет всегда сопротивлялся иезуитам, старавшимся взять под контроль все образование в Португалии, поэтому в 1559 г. в Эворе иезуитами был открыт еще один университет, но он был много меньше коимбрского. Иезуиты добились также введения с 1561 г. правила, согласно которому прием на факультет правоведения был возможен только после получения диплома Колледжа искусств, который они контролировали.
Судьба Колледжа искусств (в котором преподавалась и математика) весьма показательна. В момент его основания он был гуманистической школой с блестящим педагогическим коллективом. В скором времени стало очевидным, что колледж являлся очагом свободомыслия, угрозой очень узкому иберийскому толкованию религии и потенциальным источником новых течений христианства. Только что созданная инквизиция арестовала и заточила несколько преподавателей, а после пяти лет атак Колледж искусств был «очищен» от своих лучших, но непокорных элементов, став смиренным инструментом борьбы с протестантизмом. В 1555 г. король объединил его с Колледжем иезуитов.
Конечно, желание иезуитов подчинить себе все образование встречало сопротивление других монашеских орденов, Коимбрского университета, кортесов (1562). Однако они не могли противостоять силе. Иезуиты, инквизиция и корона были прочно спаяны в борьбе против ереси, т. е. против всего нового, в том числе обуржуазивания, которое ассоциировалось с протестантизмом. Множество учителей было уволено, арестовано, заточено. Мысль в университетах и школах замерла. Научный и культурный прогресс в любых проявлениях был заморожен на столетие в угоду догматизму [2, 285—300].
В Португалии опять усилились рост и роль знати, особенно придворной исконной аристократии. Несмотря на свои предрассудки, связанные с пренебрежением к производительному труду, к торговле и прибыли, аристократы заняли все руководящие, влиятельные посты в системе государственного управления. Свои же собственные состояния некоторые из них передоверяли наемным администраторам, умевшим управлять. Казна тощала, но и аристократы не становились богаче, так как тратили свои деньги не на инвестиции, а на роскошь и церковь. Это приводило к тому, что хозяева даже больших земельных владений сдавали арендаторам землю небольшими участками, вместо самостоятельного ведения крупного хозяйства [2, 281—282].
Ремесленников и крестьян жизнь не заставляла искать способы повышения производительности своего труда, так как с каждого прибывавшего из колоний корабля деньги текли рекой, цены на продовольствие и вина взвинчивались так, что на вырученные за хлеб и вино деньги жители портовых городов могли жить в бездействии и довольстве до прибытия следующего корабля с сокровищами. Воцарившаяся праздность, порожденная легкими деньгами, усиливала развращение прежде всего населения Лиссабона. Самое активное население ринулось за море, бросив производство. Менее чем за столетие в колонии выехало 280 тыс. человек — это в два с половиной раза больше, чем население Лиссабона того времени [1, 93].