Управление и контроль за реализацией программы осуществляется заказчиком - Министерством здравоохранения Российской Федерации.
К реализации Программы привлекаются организации и органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации - исполнители программных мероприятий. Исполнители отчитываются перед Министерством здравоохранения Российской Федерации о выполнении мероприятий и использовании выделенных средств.
Для текущего управления программой создается дирекция, возглавляемая заместителем Министра здравоохранения Российской Федерации. В состав дирекции включаются руководители структурных подразделений Министерства здравоохранения Российской Федерации.
В целях рационального использования выделяемых на реализацию программы бюджетных и внебюджетных средств и с учетом предложений органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации дирекция Программы устанавливает и, при необходимости, изменяет очередность реализации основных мероприятий и их финансирование.
Министерство здравоохранения Российской Федерации и дирекция Программы:
- организуют выполнение мероприятий Программы посредством заключения Договоров с организациями любых форм собственности,
- несут ответственность за рациональное использование бюджетных и внебюджетных средств,
- оказывают соисполнителям Программы методическую помощь по реорганизации сети психиатрических учреждений.
Министерство здравоохранения Российской Федерации ежегодно анализирует ход реализации Программы и эффективность использования финансовых средств.