Операция не подлежащие налогообложению НДС, делятся на четыре группы:
1. социально значимые операции (медицинские товары, реализация услуг детских дошкольных учреждений, услуг в сфере образования и т.д.);
2. экономические операции (как правила НКО не включены в данную группу);
3. не создающие добавленной стоимости операции (страховая деятельность, игорный бизнес и т.д.), как правило, в эту группу можно отнести только негосударственные пенсионные фонды;
4. льготируемые операции (использующие труд инвалидов, религиозные организации).
НКО имеют значительное количество льгот относящихся к социально значимым и льготируемым.
Не подлежат налогообложению НДС предоставление арендодателем в аренду на территории РФ помещений иностранным гражданам или организациям, аккредитованным в РФ, если законодательством этого государства установлен аналогичный порядок в отношении граждан РФ, либо если такая норма предусмотрена международным соглашением.
Так же не подлежит налогообложению реализация на территории РФ следующих операций:
1. товаров медицинского назначения по перечню, утверждаемому Правительством РФ;
2. медицинских услуг, за исключением косметических, ветеринарных санитарно- эпидемиологических;
3. услуг по уходу за больными, инвалидами и престарелыми;
4. услуг по содержанию детей в дошкольных учреждениях;
5. продуктов питания (столовые вузов, школ и др. учебных заведений);
6. услуг по страхованию;
7. ритуальных услуг, работ по изготовлению надгробных памятников и оформлению могил;
8. почтовых марок (кроме коллекционных), маркированных открыток и маркированных конвертов, лотерейных билетов, проводимых по решению уполномоченного органа;
9. долей в уставном капитале, паев в паевых фондов, ценных бумаг;
10. ремонт и обслуживание бытовых приборов в период гарантийного срока;
11. услуг в сфере образования;
12. ремонт, реставрация и восстановление памятников истории и культуры;
13. реализация целевых социально-экономических программ;
14. товаров в рамках безвозмездной помощи;
15. оказание услуг в сфере культуры и искусства(цирк, выставка, музей, планетарий, зоопаркам и т.п.)
16. производство кинопродукции;
17. исключительных прав на изобретение, полезные модели, секреты производства и т.д.
18. предметы религиозного характера;
19. товары производимые инвалидами, организаций уставный капитал которых состоит из вкладов общества инвалидов, государственные унитарные предприятия при противотуберкулезных, психиатрических и других учреждениях социальной защиты;
20. изделия народных художественных промыслов;
21. услуги по негосударственному пенсионному обеспечению;
22. реализация организациями уголовно исполнительной системы произведенных ими товаров;
23. услуги коллегиями адвокатов и т.д.