Наряду с экологическим нормированием и государственной экологической экспертизой, экологической сертификацией и экологическим контролем, лицензирование является одним из основных и потенциально эффективных инструментов реализации административных методов управления природопользованием и охраной окружающей среды. Одновременно лицензирование может рассматриваться в системе экологического права как правовая мера обеспечения рационального природопользования и охраны окружающей среды и как функция государственного управления в данной сфере.
В соответствии с экологическим законодательством используются различные формы документов, выполняющих функции лицензии. Наряду с собственно лицензиями (на право пользования недрами, комплексное природопользование, пользование лесным фондом и др.), применяются разрешения (на выброс и сброс вредных веществ, захоронение отходов), лесорубочный билет (ордер), лесной билет.
Для получения лицензии (разрешения) на осуществление соответствующих видов деятельности юридическое или физическое лицо должно обратиться с заявлением в органы, уполномоченные на ведение лицензионной деятельности. Такими органами в сфере охраны окружающей среды на федеральном уровне являются: Минприроды, Роскомнедра, Роскомрыболовства, Рослесхоз, Росгидромет и др. Правом предоставления лицензии (разрешения) обладают также территориальные подразделения названных выше и других природоохранительных органов.
В зависимости от вида лицензии (разрешения) определяется ее (его) содержание.
Отдельные виды лимитов на природопользование могут быть объединены в лицензию на комплексное природопользование с учетом экологических, санитарно-гигиенических и иных требований. Под комплексным природопользованием понимается пользование в определенных границах природными объектами как территориальными сочетаниями природных ресурсов (земельные участки, водоемы, леса, недра и др.), обеспечивающее рациональное использование каждого природного ресурса на данной территории.
Лицензии на комплексное природопользование выдаются республиканскими, краевыми, областными органами Минприроды России и не подлежат передаче другим юридическим и физическим лицам.
При наличии оснований орган, выдавший лицензию (разрешение), может приостановить ее (его) действие или аннулировать ее. Наиболее типичным основанием для аннулирования является нарушение условий действия лицензии.
Наличие лицензии дает хозяйствующему субъекту возможность заключить договор на природопользование с исполнительным органом государственной власти. В отличие от лицензии, договор как инструмент регулирования природопользования и охраны окружающей среды получает развитие в России лишь в условиях рынка. При этом договор реализует гражданско-правовой метод регулирования.