Предусмотрено общее ограничение числа выездных проверок: в течение одного календарного года налоговые органы не смогут проводить более двух выездных проверок вне зависимости от проверяемого налога и периода (п. 5 ст. 89 НК РФ), но самостоятельные выездные проверки в отношении филиалов и представительств при этом не учитываются. Также выездная проверка сверх этого ограничения может быть проведена на основании решения руководителя ФНС России.
Изменены и правила проведения повторных выездных проверок, которые указаны в п. 10 ст. 89 НК РФ. Во-первых, повторной проверкой может быть охвачен только трехлетний срок, предшествовавший году вынесения решения о назначении повторной проверки. Во-вторых, предусмотрено новое основание для ее проведения - подача уточненной декларации, по которой сумма налога меньше первоначально заявленной. В-третьих, отчасти решена проблема, касающаяся изменения сумм недоимок, пени и штрафов, выявленных в ходе первоначальной проверки, по итогам повторной. Предусмотрено, что если в ходе повторной проверки выявлено налоговое правонарушение, которое не было выявлено в ходе первоначальной проверки, то штраф на проверяемое лицо не налагается, за исключением тех случаев, когда правонарушение было скрыто в ходе первоначальной проверки по сговору с должностным лицом налогового органа. Но подобного ограничения в отношении сумм недоимки и пени не установлено. Это правило будет применяться, если решение о проведении первоначальной проверки было принято уже после 1 января 2007 г. (п. 12 ст. 7 Закона).
Обязательные реквизиты решения о проведении выездной налоговой проверки теперь предусмотрены в самом Кодексе (п. 2 ст. 89 НК РФ). Несоблюдение реквизитов решения будет являться основанием для признания решения и самой проверки незаконной.
С 2007 г. непосредственно в НК РФ предусмотрена возможность налогоплательщиков перенести проведение проверки на территорию налогового органа. Статья 89 НК РФ предусматривает, что, если у налогоплательщика нет возможности предоставить сотрудникам налоговых органов помещение для проведения выездной проверки, она может проходить по месту нахождения налогового органа (п. 1 ст. 89 НК РФ).
Уточнено, что с подлинниками документов сотрудники налоговых органов могут знакомиться только на территории налогоплательщика (за исключением случаев, когда проверка проводится на территории налогового органа) (п. 12 ст. 89 НК РФ). Изъять и забрать с собой подлинники документов можно только путем проведения выемки (п. 8 ст. 94 НК РФ).
Установлен конкретный срок, в который должна быть составлена справка о проведении налоговой проверки, - в последний день проверки (п. 15 ст. 89 НК РФ) (ранее конкретный срок составления справки указан не был, говорилось лишь, что она составляется "по окончании проверки").