В вышестоящий налоговый орган можно обжаловать как еще не вступившее в законную силу решение путем подачи апелляционной жалобы (п. 5 ст. 101.2 НК РФ), так и решение, уже вступившее в законную силу, которое не было обжаловано в апелляционном порядке (п. 3 ст. 101.2 НК РФ). Срок на обжалование решения, вступившего в законную силу, - один год с момента его вынесения (п. 2 ст. 139 НК РФ).
С 1 января 2009 года решение налогового органа о привлечении к ответственности может быть обжаловано в суд только в том случае, если сначала оно было обжаловано в вышестоящий налоговый орган (п. 2 ст. 101.2 НК РФ, п. 16 ст. 7 Закона). В 2007 - 2008 гг. решение налогового органа по-прежнему можно будет обжаловать сразу в суд.