| c июня 1992 | – | Российский государственный архив военно-морского флота (РГАВМФ) |
| 1941 – июнь 1992 | – | Центральный государственный архив Военно-Морского Флота СССР (ЦГАВМФ СССР) |
| 1937 – 1941 | – | Центральный государственный военно-морской архив |
| 1934 – 1937 | – | Морской исторический архив |
| 1925 – 1934 | – | Ленинградское отделение Центрального исторического архива-Морской отдел |
| 1922 – 1925 | – | Ленинградское отделение Центрального архива РСФСР |
| 1918 – 1922 | – | Второе (военно-морское) отделение третьей секции ЕГАФ (Архив армии и флота) |
| 1917 – 1918 | – | Центральный архив флота и морского ведомства |
| 1827 – 1917 | – | Архив Морского министерства |
| 1724 – 1827 | – | Архив Государственной Адмиралтейств-коллегии |
Архив создан в 1724 г. при Государственной Адмиралтейств-коллегии для сбора и хранения документов коллегии, её экспедиций и контор. В 1827 г. при преобразовании Морского министерства был создан Архив Морского министерства, который принял дела Архива Адмиралтейств-коллегии. В августе 1917 г. переименован в Центральный архив флота и морского ведомства.
В 1918 г. Центральный архив флота и морского ведомства вошел в третью секцию (Архив армии и флота) Государственного архивного фонда (ЕГАФ) в качестве второго (военно-морского отделения). С 1922 по 1925 гг. он существовал как часть ленинградского отделения Центрального архива РСФСР, а затем – как ленинградское отделение Центрального исторического архива (1925–1934). В 1934 г. архив был выделен в самостоятельное хранилище и получил название Морской исторический архив. По «Положению о ГАФ СССР» 1941 г. архив получил статус центрального государственного архива и новое название – ЦГАВМФ. С июня 1992 г. – Российский государственный Архив Военно-Морского Флота.
Здание, в котором архив размещается с 1926 г., было построено по проекту архитектора М.Е. Месмахера в 1883–1887 гг. для архива Государственного Совета.