Правові питання державного нагляду за додержанням органами ліцензування вимог законодавства у сфері ліцензування регламентовані ст. 20 Закону. Згідно з цим законом його здійснює спеціально уповноважений орган з питань ліцензування проведення планових та позапланових перевірок. Орган ліцензування під час перевірки надає спеціально уповноваженому органу з питань ліцензування рішення документи з питань ліцензування та забезпечує умови для проведення перевірки. За результатами перевірки орган з питань ліцензування складає акт у двох примірниках: один примірник акта видається керівнику органу ліцензування, діяльність якого перевірялася, другий - зберігається спеціально уповноваженим органом з питань ліцензування
Контроль за додержанням ліцензіатами ліцензійних умов здійснюють також органи ліцензування та спеціально уповноважений орган з питань ліцензування в межах своїх повноважень шляхом проведення планових та позапланових перевірок. Наприклад, Комісія щодо зупинення поновлення або анулювання ліцензій на виробництво і оптову торгівлю спиртом, алкогольними напоями і тютюновими виробами, положення про яку затверджене наказом Міністерства фінансів від 15.01.2001 р. №229.
Планові перевірки дотримання ліцензіатом ліцензійних умов проводяться не частіше одного разу на рік. Позапланові перевірки здійснюють органи ліцензування або спеціально уповноважений орган ліцензування лише на підставі надходження до них у письмовій формі заяви (розпорядження) про порушення ліцензіатом ліцензійних умов або з метою перевірки виконання розпоряджень про усунення порушень ліцензійних умов. Для проведення перевірки наказом орган, який видав ліцензію створює комісію про що за п'ять робочих днів в письмовій формі повідомляє орган ліцензування або ліцензіата. Ліцензіат під час перевірки дотримання ним ліцензійних умов надає всі необхідні для проведення перевірки документи та забезпечує умови для її проведення. Орган, що здійснює перевірку, за результатами перевірки складає акт у двох примірниках: один примірник акта видається керівнику суб'єкта, який перевірявся, другий зберігається органом, який здійснив перевірку. Орган ліцензування або спеціально уповноважений орган з питань ліцензування не пізніше десяти робочих днів з дати складання акта перевірки порушень ліцензійних умов видає розпорядження про усунення порушень ліцензійних умов або приймає рішення про анулювання ліцензії.
Ст. 21 Закону передбачено дев’ять таких підстав для анулювання ліцензії:
1) заява ліцензіата про анулювання ліцензії;
2) акт про повторне порушення ліцензіатом ліцензійних умов;
3) рішення про скасування державної реєстрації суб'єкта господарювання;
4) нотаріально засвідчена копія свідоцтва про смерть фізичної особи - суб’єкта підприємницької діяльності;
5) акт про виявлення недостовірних відомостей у документах, поданих суб'єктом господарювання для одержання ліцензії;
6) акт про встановлення факту передачі ліцензії або її копії іншій юридичній або фізичній особі для провадження господарської діяльності;
7) акт про невиконання розпорядження про усунення порушень ліцензійних умов;
8) акт про неможливість ліцензіата забезпечити виконання ліцензійних умов, встановлених для певного виду господарської діяльності;
9) акт про відмову ліцензіата в проведені перевірки органом ліцензування або спеціального уповноваженим органом з питань ліцензування.
Орган ліцензування приймає рішення про анулювання ліцензії протягом десяти робочих днів з дати встановлення підстав для анулювання ліцензії, яка вручається (надсилається) ліцензіату із зазначенням підстав анулювання не пізніше трьох робочих днів з дати його прийняття. Рішення про анулювання ліцензії набирає чинності через тридцять днів з дня його прийняття. Крім рішень про анулювання ліцензії та в разі смерті ліцензіата (фізичної особи-підприємця), які набирають чинності з дня їх прийняття. Якщо ліцензіат протягом цього часу подає скаргу до експертно-апеляційної ради, дія даного рішення органу ліцензування зупиняється до прийняття відповідного рішення спеціально уповноваженого органу з питань ліцензування.
У разі анулювання ліцензії на підставі акта про повторне порушення ліцензіатом ліцензійних умов, акта про виявлення недостовірних відомостей у документах, поданих суб’єктом господарювання для одержання ліцензії, акта про встановлення факту передачі ліцензії іншій юридичній або фізичній особів для провадження господарської діяльності, акта про невиконання розпорядження про усунення порушень ліцензійних умов суб’єкт господарювання може одержати нову ліцензію на право провадження цього виду господарської діяльності не раніше ніж через рік з дати прийняття рішення органу ліцензування про анулювання попередньої ліцензії.
До суб'єктів господарювання за провадження господарської діяльності без ліцензії застосовуються фінансові санкції у вигляді штрафів у розмірах, встановлених законом. Зазначені штрафи спрямовуються до Державного бюджету України. Рішення про стягнення штрафів приймаються органом, на який згідно з чинним законодавством покладено функції контролю за наявністю ліцензій.
Шкода, заподіяна порушенням законодавства у сфері ліцензування, підлягає відшкодуванню за позовами заінтересованих осіб у порядку, визначеному законом.
Рішення про анулювання ліцензії накладення штрафів може бути оскаржено у судовому порядку.