Защита прав граждан, в том числе на местное самоуправление, может обеспечиваться также посредством деятельности отдельных негосударственных организаций. Например, таких, как Конгресс муниципальных образований Российской Федерации, Союз российских городов, Центр правовой поддержки местного самоуправления, иные специальные или научно-исследовательские учреждения и организации. Это может выражаться в осуществлении независимой правовой (научной) экспертизы соответствия правовых актов, издаваемых органами государственной власти и местного самоуправления, нормативным правовым актам, имеющим высшую юридическую силу, а также подготовке заключений на проекты законов и иных нормативных актов в сфере местного самоуправления.
Также значительное место в деятельности данных организаций занимает обеспечение представительства интересов местного самоуправления на федеральном уровне власти и в сфере международных отношений.
В то же время в российском законодательстве отсутствуют процессуальные механизмы, необходимые для эффективного осуществления указанными органами своих функций, а именно - по контролю за законностью деятельности органов государственной власти и органов местного самоуправления.
Также законодательством Российской Федерации не определены правовой статус и последствия вынесения заключений государственных органов или уполномоченных негосударственных организаций о несоответствии закону правовых актов органов власти, нарушающих права и свободы граждан.