Полномочия Президента определены КРФ, либо вытекают из нее, некоторые полномочия есть в ФКЗ «О Правительстве»
Формирует Правительство РФ, назначает Председателя Правительства, заместителей Председателя и федеральных министров. Министр без министерства?
Участвует в назначении председателя Центрального Банка и формирует отдельные органы исполнительной власти
Опираясь на Постановление Конституционного Суда РФ от 27.01.1999 N 2-П определяет систему и структуру федеральных органов исполнительной власти: Указы от 9 марта 2004 г. №314 и от 12 мая 2008 г. №724. Решение о том, сколько у нас будет ФОИВ, какова будет фактическая структура, принимает Президент. Предложение о структуре вносит Председатель Правительства. Может ли Президент не принять предложение? Или принять частично? Может ли создать орган, предложением не предусмотренный? Эти вопросы остаются неурегулированными.
Руководит деятельностью федеральных органов исполнительной власти, ведающих вопросами обороны, безопасности, внутренних дел, юстиции, иностранных дел, предотвращения чрезвычайных ситуаций и ликвидации последствий стихийных бедствий, утверждает по представлению Председателя Правительства Российской Федерации положения о них и назначает руководителей и заместителей руководителей этих органов (ст. 32 Федерального конституционного закона от 17.12.1997 N 2-ФКЗ "О Правительстве Российской Федерации"). Президент имеет с ними субординационные связи (утверждает положения, назначает и смещает руководителей). Эта норма не дает оснований считать, что Президент напрямую руководит деятельностью только шести ФОИВ.
Перечень определяется структурой федеральных органов исполнительной власти
На практике Президент Российской Федерации дает поручения Правительству, а также отдельным федеральным министрам и руководителям иных органов исполнительной власти.
Отменяет акты Правительства РФ (ст. 115 Конституции, ст.33 Федерального конституционного закона «О Правительстве РФ»), вправе приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов РФ (ст. 85 Конституции). Практически не используется.