Исполнение бюджета представляет собой обеспечение полного и своевременного поступления всех предусмотренных по бюджету доходов и финансирование всех запланированных бюджетом расходов.
Бюджетный Кодекс РФ устанавливает казначейское исполнение бюджетов (ст. 215). Данный принцип предполагает отмену расчетных счетов распорядителей и получателей бюджетных средств. Лицевые счета открываются в финансово – бюджетных управлениях (отделах) местных администраций. Распорядители средств бюджета теперь не самостоятельны в их распоряжении. Они направляют свои заявки с обоснованием передачи денежных средств получателям бюджетных сумм в подразделения казначейского исполнения бюджета, которые дают разрешение на их использование. Таким образом, в руках подразделения казначейского исполнения бюджета сосредоточены организационно – распорядительные, технические и контрольные функции по расходованию средств бюджета муниципального образования.
Исполнение бюджета осуществляется администрациями на основе бюджетной росписи, которая составляется главным распорядителем бюджетных средств (главой муниципального образования, управлениями и комитетами местной администрации) по получателям бюджетных средств.
В ходе исполнения бюджета муниципальное образование может по факту получить доходы, превышающие запланированные. В данном случае, они направляются финансовыми органами на уменьшение размера дефицита бюджета и выплаты, сокращающие долговые обязательства муниципального образования. Полученные сверхпланируемых доходы могут быть переданы и на другие цели. Тогда финансовый орган ходатайствует перед Думой о внесении изменений в бюджет муниципального образования. Аналогичная процедура допускается в случае, если полученные доходы превышают утвержденные более чем на 10%.