Отражая принятый программный подход, политика Структурного Фонда выстраивается вокруг двухступенчатого или трехступенчатого процесса планирования (двухступенчатого - для Целей 2, 5b и 6, и, как правило, трехступенчатого - для более сложных планов Цели 1). Построенные на принципах партнерства и субсидиарности, планы регионального развития разрабатываются странами-членами обычно на региональном уровне с привлечением различных комбинаций партнеров (правительственные департаменты, местные власти, агентства по развитию, учебные институты, экологические организации и т.д.).
Планы для среднесрочных программ (1989-93 гг., 1994-99 гг., 2000-2006 гг.) согласовываются с Европейской Комиссией в целях разработки общей стратегии осуществления программы, установления приоритетов, мер оказания поддержки, финансовой помощи, оказываемой всеми партнерами, а также механизма осуществления. Обычно фонды используются для частичного финансирования проектов в различных сферах экономического развития: помощь бизнесу, экономическая и физическая инфраструктура, научные исследования, техническая модернизация, человеческие ресурсы, туризм, окружающая среда, возрождение городов. За первые два программных периода было осуществлено около 300 многолетних программ. Подсчитано, что по всем 15 странам ЕС около 30% ресурсов Структурных фондов израсходовано на развитие инфраструктуры (т.е. транспорт, связь, энергетику, водоснабжение и т.п.), 30% - на проведение политики в области занятости, образование, переквалификацию, и 40% - на инвестиции в производство, особенно в качестве поддержки малых и средних предприятий.