Практически одновременно с реформированием экономики Горбачев предпринял попытку преобразовать политическую систему общества. На январском (1987) Пленуме ЦК КПСС Горбачев изложил новую идеологию и стратегию реформ. Главными преобразовательными лозунгами были выдвинуты «гласность» и «демократизация», а в основу политических реформ положена идея соединения социализма с демократией. Благодаря «гласности» и разрешенному «плюрализму» мнений было положено начало размежеванию общественных сил по вопросам реформ и «социалистического выбора».
Проблема изменения политической системы решалась на XIX партийной конференции летом 1998 г. Было предложено: а) создать новую двухуровневую систему высшей законодательной власти в стране – Съезд народных депутатов и Верховный Совет СССР (состоящий из двух палат: Совета Союза и Совета Национальностей), избираемый из числа депутатов Съезда. Верховный Совет превратить в постоянно действующий парламент; б) обновить избирательное законодательство (предполагавшее альтернативность, то есть на одно место могли претендовать несколько человек, а также избрание депутатов не только по округам, но и от общественных организаций; в) главным пунктом реформы стало перераспределение властных полномочий от партийных структур к советским. Это был первый этап конституционных реформ в стране.
Весной 1989 г.состоялись первые в истории СССР альтернативные выборы. Третий этап перестройки, охвативший 1989-1991 гг., стал периодом размежеваний и расколов в лагере «перестройки». Борьба продолжалась в ходе избирательной кампании и на I съезде народных депутатов СССР (25 мая – 9 июня 1989 г.). На этом съезде Председателем Верховного Совета был избран М.С.Горбачев. Первый съезд стал историческим событием, здесь впервые прозвучала критика в адрес руководства страны, что уже само по себе было беспрецедентным явлением. Радикальное крыло Верховного совета образовало Межрегиональную депутатскую группу (Афанасьев, Попов, Ельцин), радикалы делали упор на необходимость демонтажа командно-административной системы, передачи всей власти не КПСС, а Советам. В самой КПСС, с одной стороны, образуется демократическая платформа (Ельцин и др.), ставящая задачей завоевание центральных позиций в партии. С другой стороны, в рядах партии формируется консервативное крыло, состоявшее из лидеров партийной номенклатуры, не желавших никаких перемен в стране.
На втором этапе конституционной реформы (1990-1991) выдвигалась задача введения поста Президента СССР. На III съезде народных депутатов в марте 1990 г. им стал М.С.Горбачев. Но в стране после этого складывается парадоксальная ситуация: президентская система власти никак не могла сочетаться с системой власти Советов, так как и та, и другая формально предполагала свое единовластие. В дальнейшем именно это станет причиной драматического политического противостояния в стране. На III съезде была отменена 6-я статья Конституции («главенствующая роль КПСС»), что давало возможность формирования легальной многопартийности в СССР.