В 2000 г. начала проводиться налоговая реформа, нацеленная на стимулирование развития российской экономики. Основные задачи реформы заключались в снижении налоговой нагрузки на предприятия, усилении значения добывающих отраслей как источника налоговых поступлений, а также в упрощении налогообложения малого бизнеса. В отношении населения была введена «плоская» шкала по налогу на доходы физических лиц — ставка налога для граждан с любыми доходами была установлена в размере 13%.
Бюджет в результате реформы существенно пополнился налогами с доходов, «вышедших из тени». Единый социальный налог (ЕСН) заменил страховые взносы во внебюджетные фонды. В 2002 г. была снижена ставка налога на прибыль предприятий до 24% (в 2001 г. она могла доходить до 35%). Налог на добычу полезных ископаемых стал зависеть от цен на сырье на мировом рынке, что также значительно пополнило бюджет России. В сфере малого бизнеса тоже наметились изменения, в частности снизились ставки налогов для предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения. На федеральном уровне был утвержден список предпринимателей, имеющих право платить единый налог на вмененный доход.
В 2004 г. был отменен налог с продаж. Выпадающие доходы бюджетов регионов были компенсированы очередным увеличением норматива отчислений от налога на прибыль организаций.
Параллельно с изменениями в налоговом законодательстве были осуществлены попытки улучшения налогового администрирования. Так, в 2003 г. был введен принцип «одного окна», что позволяло зарегистрировать предприятие, подав документы в налоговый орган. Однако в налоговой сфере продолжали оставаться серьезные проблемы. Множество трудностей доставляли запутанные формы отчетности, что создавало серьезные препятствия для ведения малого бизнеса. Несмотря на неоднозначные результаты налоговой реформы, положительным является тот факт, что в России в отличие от предыдущего периода появилась работоспособная (пусть и не совершенная) налоговая система.