Основной проблемой российско-американских взаимоотношений в 2000—2001 гг. являлось стремление Вашингтона выйти из договора по ПРО (противоракетной обороне) 1972 г. и создать национальную систему ПРО. Руководство России считало, что создание национальной ПРО (НПРО) Соединенными Штатами разрушает стратегическую стабильность, сложившуюся между СССР и США — двумя ядерными державами во время «холодной войны», и способно привести к стратегическому превосходству Вашингтона.
Сотрудничество России и США в области ядерного разоружения развивалось, напротив, успешно. 14 апреля 2000 г. Государственная Дума ратифицировала Договор между РФ и США о дальнейшем сокращении и ограничении стратегических наступательных вооружений (Договор СНВ-2). В развитие сотрудничества в этой сфере 24 мая 2002 г. в Москве был подписан Договор о сокращении стратегических наступательных потенциалов (Договор о СНП). Договор является компромиссом, минимизирующим для России последствия выхода США из договора по ПРО. К 2012 г. стороны наметили сократить ядерные силы до 1700—2200 ядерных боеголовок. Договор гарантирует сохранение ядерного паритета между США и Россией. Договором снимаются ограничения на развертывание Россией межконтинентальных баллистических ракет наземного базирования с несколькими боеголовками, предусмотренные Договором СНВ-2.
11 сентября 2001 г. в США произошел ряд терактов: террористы-смертники направили два захваченных самолета в здания Всемирного торгового центра в Нью-Йорке, третий самолет врезался в здание Пентагона в Вашингтоне, еще один захваченный самолет разбился в штате Пенсильвания. После терактов
11 сентября Вашингтон объявил своим главным врагом международный терроризм. Россия поддержала США в антитеррористической кампании.
В.В. Путин выступил с поддержкой инициативы США по уничтожению «Аль-Каиды» в Афганистане. Правительство России согласилось предоставить российское воздушное пространство самолетам антитеррористической коалиции и не возражало против предоставления США баз в бывших среднеазиатских республиках СССР. Этот шаг России был обусловлен возросшей угрозой распространения влияния терроризма на страны Центральной Азии, что напрямую угрожало безопасности южных границ России.
Пресс-секретарь Белого дома заявлял в мае 2002 г., что новые отношения России и США являются «историческим прорывом» и могут «войти в историю». Успешно развивались связи Москвы и блока НАТО. К началу 2003 г. можно было говорить уже о полноценном стратегическом партнерстве двух государств. Эксперты обсуждали возможность заключения официального политического союза России и США. Однако США к этому оказались не готовы. В течение всего 2003 г. США вели себя по отношению к России крайне сдержанно, а в Москве нарастало разочарование как в американской политике, так и в перспективах партнерства. Визит Президента России в США 23—27 сентября 2003 г. не смог поправить ситуацию, нового «прорыва» не произошло. Более того, наметились первые признаки того, что США готовы свернуть сотрудничество с Россией по ряду направлений. В частности, это касалось сотрудничества в сфере стратегической безопасности, а также исследований российской экономики. На американском рынке российские корпорации часто подвергались необоснованной дискриминации, что также вызывало недоумение у руководства страны.
Несмотря на активное сотрудничество, многочисленные противоречия в отношениях США и России сохранились. США не собирались выводить свои военные базы с территории Киргизии и Узбекистана после окончания операции в Афганистане. Дальнейшее расширение НАТО на Восток (в 2004 г. в альянс вошли Болгария, Латвия, Литва, Румыния, Словакия, Словения и Эстония) стало очередным негативным фактором в отношениях между Россией и США. Впервые членами НАТО стали бывшие республики СССР.
Москва выступила с инициативой создания нестратегической ПРО для Европы. Это предложение встретило поддержку со стороны Франции и Германии, однако США не согласились с предложением России. В октябре 2002 г. президент США Дж. Буш-младший принял принципиальное политическое решение приступить в 2004 г. к развертыванию системы НПРО. Однако эксперты уверены, что в течение ближайших десятилетий имеющиеся у России силы ядерного сдерживания будут способны преодолеть несовершенную систему НПРО США.
Примером воплощения новых подходов США к регулированию международных отношений стали события в Ираке. В Совете Безопасности ООН 8 ноября 2002 г. была принята резолюция о возобновлении инспекционной деятельности ООН на территории Ирака. Однако США вопреки резолюции ООН, используя ложные обвинения в адрес президента Ирака С. Хусейна в разработке оружия массового поражения, при поддержке Великобритании вторглись в Ирак. 20 марта 2003 г. началась война с Ираком. Резко против войны выступили Россия, Китай и даже ряд союзников США по антитеррористической коалиции и НАТО. Вашингтон проигнорировал позицию России в иракском кризисе. 20 марта 2003 г. Президент России выступил с резкой критикой политики США, разрушавшей систему международной безопасности.
Военные действия в Ираке завершились достаточно быстро — уже в апреле были разгромлены основные части и подразделения иракской армии, а войска антииракской коалиции вошли в Багдад. С. Хусейн бежал, но в декабре 2003 г. попал в руки американцев, а в декабре 2006 г. был казнен. Поиски оружия массового поражения (ОМП) в Ираке так и не дали никаких результатов.
Серьезные разногласия между Россией и США возникли по вопросам глобального видения мира. Последовательное стремление России видеть мир многополярным вызывало раздражение США, которое открыто было продемонстрировано в начале февраля 2007 г., когда глава Минобороны США Р. Гейтс в своем выступлении перед Конгрессом де-факто причислил Россию к вероятным противникам США, назвав ее в ряду «непредсказуемых стран» вместе с Ираном и Северной Кореей. Тогда же США начали форсировать размещение элементов ПРО в Чехии и Польше.
10 февраля 2007 г., выступая на Конференции по политике безопасности в Мюнхене «Глобальные кризисы — глобальная ответственность», Владимир Путин раскритиковал желание Соединенных Штатов навязать миру «однополярную модель». Российский Президент подчеркнул, что, несмотря на окончание «холодной войны», мир не стал более безопасным: «войн, локальных и региональных, меньше не стало».
Уже 19 февраля 2007 г. руководители Польши и Чехии, несмотря на протесты населения, высказались за размещение на собственной территории американской ПРО. Стоит отметить, что партнеры Польши и Чехии по ЕС неоднозначно, а часто и негативно рассматривают эту инициативу США. В частности, поддержку российской позиции, рассматривающей американское ПРО в Европе как недружественный акт, ведущий к росту напряженности, высказала Германия.
Россия выступила с компромиссными инициативами по ПРО. Так, 8 июня Президент В.В. Путин в ходе двусторонних переговоров с американским президентом Дж. Бушем-младшим на саммите «Большой восьмерки» в немецком Хайлигендамме предложил США совместно использовать радиолокационную станцию, которую Россия арендует в Габале на территории Азербайджана. Позже российская сторона выступила с предложением о создании общеевропейской и, шире, общемировой системы ПРО, что существенно бы повысило уровень доверия между странами. Инициативы Москвы были отвергнуты.
В связи с необходимостью укрепления российской обороноспособности на фоне роста международной напряженности 26 апреля 2007 г. в ежегодном послании Федеральному Собранию РФ Владимир Путин предложил объявить мораторий на исполнение Россией Договора об обычных вооруженных силах в Европе (ДОВСЕ). Также было предложено обсудить в ОБСЕ планы размещения в Европе элементов американского стратегического оружия. После того как дискуссия в рамках ОБСЕ не дала результатов, мораторий был введен. Это вызвало резко негативную реакцию США.