Перестройка, ослабление центральной власти обнажили долго скрываемые противоречия советского строя, в том числе нерешенность национального вопроса и его новое обострение, вызванное укреплением позиций национальных элит в союзных и автономных республиках СССР.
По мере ослабления центрального руководства начались конфликты на национальной почве. Первый из них произошел совершенно неожиданно в результате драки на катке между якутской и русской молодежью в Якутске в феврале 1986 г. 16—18 декабря 1986 г. в Алма-Ате студенты протестовали против назначения первым секретарем ЦК компартии Казахстана вместо казаха Д.А. Кунаева русского Г.В. Колбина.
С лета 1987 г. национальные движения стали принимать массовый и организованный характер. Первым серьезным вызовом власти стало движение крымских татар за восстановление их автономии в Крыму.
С конца февраля 1988 г. началось движение за воссоединение Нагорного Карабаха с Арменией. Армения настаивала на включении Карабаха в свой состав. За это выступали армяне Нагорно-Карабахской АО, составлявшие 80% ее населения. Азербайджан выступал против этого. Азербайджанцы стали спешно покидать Армению, армяне — Азербайджан. Уже в 1989 г. количество беженцев в Закавказье превысило 300 тыс. человек. Многие из них стали жертвами террористических актов и вооруженных стычек. Союзное руководство оказалось беспомощным в конфликте, который стал зародышем будущего пожара. Конфликт вскоре принял формы кровавой и затяжной войны. В январе 1990 г. начались погромы армян в Баку. ЦК компартии Азербайджана фактически утратил власть. В бунтующий город были введены войска. По официальным советским данным, при этом погибло 83 человека, по азербайджанским — более 300.
В марте 1989 г. в Фергане (Узбекистан) произошел межнациональный конфликт среди узбеков и турок-месхетинцев с многочисленными жертвами. По настоянию турок-месхетинцев было организовано временное переселение из Ферганской области 16 282 человек в Смоленскую, Орловскую, Курскую, Белгородскую и Воронежскую области РСФСР.