Распорядок работы думы определялся Наказом Думы, представлявшим собой внутренний документ Думы и не имевшим силы закона.
Предварительное обсуждение всех поступающих в Думу законопроектов и законодательных предположений, выдвинутых членами Думы, в обязательном порядке производилось в комиссиях.
Дума за время своей работы образовала 7 постоянных комиссий (распорядительная, финансовая, бюджетная, по исполнению государственной росписи доходов и расходов, редакционная, библиотечная, по разбору поступающей в Думу корреспонденции) и 38 временных комиссий. Часть временных комиссий была важными (по государственной обороне, по народному образованию, по судебным реформам, о торговле и промышленности), и действовала, несмотря на свое название, постоянно; другая часть временных комиссий действительно выполняла разовые задачи (по выработке проекта всеподданнейшего адреса Государю Императору и т. п.). Комиссии, по соглашению всех фракций, формировались таким образом, чтобы представительство в каждой комиссии правых, левых фракций и центра примерно соответствовало таковому в Думе в целом. Исключением явилась комиссия по государственной обороне, в которую не были допущены представители оппозиции. Комиссии работали активно и тратили на обсуждение важных законопроектов столь много времени, что это становилось причиной многолетних затяжек. К примеру, законопроект о волостном управлении обсуждался на 19 заседаниях комиссии по местному самоуправлению и на 60 заседаниях особой подкомиссии, что заняло более трех лет.
По результатам обсуждения законопроекта комиссия назначала особого докладчика, который представлял заключение комиссии общему собранию Думы. Законопроект обсуждался три раза, с перерывами между обсуждениями не менее трех дней; первый раз в целом, второй и третий — по отдельным статьям. Для законопроектов, признаваемых спешными, второе и третье чтение могли совмещаться. При втором чтении допускалось внесение в законопроект поправок.
Медленный порядок обсуждения законопроектов приводил к скоплению рассмотренных комиссиями и непринятых законопроектов, и в мае 1911, перед закрытием 4й сессии, Дума была вынуждена принять до 120 законов в последний день (разумеется, это были малозначимые законопроекты).
Голосование проводилось вставанием, а если были сомнения в правильности подсчета — разделением (голосующие за и против выходили в разные двери).
Дума была лишена права принимать какие-либо постановления и заявления не законодательного характера, то есть не могла официально выражать свое суждение ни в какой форме, кроме законов. Это ограничение было остроумно обойдено изобретением так называемых «формул перехода». Закончив обсуждение какого-либо вопроса, Дума постановляла: «Находя что …(изложение проблемы)…, Дума выражает пожелание, чтобы Министр Внутренних Дел …. (изложение пожелания)…, и переходит к очередным делам». Так как формулы перехода по существу были постановлениями Думы, адресованными правительству, их содержание зачастую привлекало к себе большое внимание.