При Думе действовала Канцелярия, руководимая выборным Секретарем Думы. Первично сотрудники Канцелярии были вольнонаемными и не имели прав государственной службы, что составляло большой контраст сГосударственной Канцелярией (канцелярией верхней палаты, Государственного Совета), исключительно престижным государственным учреждением. В видах привлечения более квалифицированного персонала Думой был разработаны и 01 июня 1908 года утверждены штаты Канцелярии, давшие ответственным служащим права государственных чиновников.
Канцелярия состояла из трех отделов: Отдела общего собрания и общих дел (начальник Я. В. Глинка), Законодательного отдела (начальник В. П. Шеин), Финансового отдела (начальник В. Н. Маевский). В Канцелярии служило 226 человек, из которых 114 было чиновниками, а 112 — вольнонаемными писцами и стенографами. В отличие от Думы Канцелярия работала круглогодично, в перерывах между сессиями обрабатывая документы и составляя подробные отчеты о проделанной работе. Служащие Канцелярии были беспартийными, Канцелярия не распускалась при роспуске Думы.
Поддержанием порядка в зале заседаний, выдачей пропусков и подсчетом голосов при согласовании занимались пристав Думы и его 11 помощников.