Заседания III Думы сопровождались постоянными нарушениями порядка, перебранками и оскорблениями, инициаторами которых выступали депутаты правой фракции и (в меньшей степени) эсдеки. Особенно недостойным образом вели себя члены правой фракции В. М. Пуришкевич и Н. Е. Марков (Марков 2й), а также эсдек Е. П. Гегечкори. Антисемитские реплики со стороны правых были настолько привычными, что уже и не считались за неприемлемое поведение. Единственным наказанием, которое позволял Наказ Думы, было удаление из заседаний (до 15 заседаний). За время работы Думы это наказание было применено 38 раз по отношению к 33 лицам, из них 15 раз — к правым, 13 раз — к эсдекам. В. М. Пуришкевич, чрезвычайно эпатажная личность, имел обычай при вынесении решений об удалении торжественно усаживаться на руки приставам Думы и быть выносимым ими из зала. Председательствующие не считали возможным накладывать санкции при каждом случае недостойного поведения, и игнорировали большую часть возмутительных выходок.
В конце 1908 года В. М. Пуришкевич направил трем деятельницам Первого всероссийского женского съезда, включая А. П. Философову, оскорбительные письма, в которых называл съезд публичным домом. А. П. Философова обратилась к мировому судье, который приговорил Пуришкевича к месячному аресту, позже Николай II уменьшил срок ареста до недели. Не желая, чтобы вопрос о предании его наказанию рассматривался общим собранием Думы, Пуришкевич подал в Совещание Думы прошении о предоставлению ему отпуска для отбытия наказания, которое было удовлетворено.
17 ноября 1909 года состоялась дуэль между членами фракции октябристов Председателем Думы А. И. Гучковым и графом А. А. Уваровым, вызванная внутрифракционным соперничеством и личной враждой; инициатором дуэли был Гучков. Уваров был легко ранен, в дальнейшем вышел из фракции, в IV Думу не попал. Гучков не подлежал уголовному преследованию на время пребывания депутатом, но на лето 1910 года сложил с себя звание Председателя, добровольно предстал перед судом, был приговорен к тюремному заключению, которое отбывал в Петропавловской крепости. Очень скоро Гучков был помилован царем, и с началом новой сессии Думы был вторично избран Председателем.