Кроме федеральных органов государственного управления в единую систему исполнительной власти Российской Федерации входят также органы исполнительной власти ее субъектов (ст. 77 Конституции РФ), обычно констатируется в уставах и других законах субъектов РФ так, в Законе Свердловской области «Об исполнительных органах государственной власти Свердловской области» закреплено, что губернатор Свердловской области, Правительство Свердловской области, областные и территориальные исполнительные органы государственной власти Свердловской области входят в единую систему исполнительной власти Российской Федерации (п. 1 ст. 3).
Система органов государственной власти и в том числе ее исполнительных органов в субъектах РФ устанавливается ими самостоятельно, и в соответствии с основами конституционного строя Российской Федерации и общими принципами организации представительных и исполнительных органов государственной власти, установленными Федеральным законом (ст. 77 Конституции РФ). В настоящее время существует Федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации», гл. 3 которого посвящена правовой регламентации системы и структуры органов исполнительной власти субъекта РФ, их функциям, полномочиям, организационным и правовым формам деятельности. В субъекте РФ устанавливается система органов исполнительной власти во главе с высшим исполнительным органом государственной власти субъекта Федерации, возглавляемым руководителем этого высшего исполнительного органа государственной власти субъекта. При этом конституцией (уставом) субъекта РФ может устанавливаться должность высшего должностного лица субъекта РФ, а наименование этой должности устанавливается с учетом исторических, национальных и иных традиций данного субъекта РФ. По сложившейся практике в национальных республиках России они обычно именуются президентами, а в других субъектах РФ — губернаторами или главами администрации субъекта РФ (края, области и т.д.).
В большинстве субъектов РФ (а ими являются края и области) основными структурными звеньями системы исполнительной власти - выступают губернатор (края или области), Правительство , - (края, области), областные и территориальные исполнительные органы государственной власти (края или области). Высшее должностное лицо субъекта Федерации (президент республики, губернатор или глава администрации края или области) возглавляет высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ. Он представляет субъект РФ в отношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления и при осуществлении внешнеэкономических связей, при этом вправе подписывать договоры и соглашения от имени субъекта РФ; обнародует законы, удостоверяя их обнародование путем подписания или издания специальных актов, либо отклоняет законы; принятые законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта РФ; формирует высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ в соответствии с законодательством этого субъекта РФ; вправе участвовать в работе законодательного (представительного) органа государственной власти этого субъекта РФ с правом совещательного органа, а также осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральным законодательством и законодательством этого субъекта РФ.
Высший исполнительный орган государственной власти субъекта Федерации (обычно это — правительство республики, края, области, городов Москвы и Санкт-Петербурга) действует на основе принимаемого самим субъектом РФ специального закона. Например, в Законе Саратовской области «О Правительстве Саратовской области» (в ред. от 6 апреля 1999 г.) установлено, что Правительство Саратовской области является коллегиальным органом исполнительной государственной власти Саратовской области и правомочно решать все вопросы государственного управления, которые отнесены Уставом (Основным законом) Саратовской области к компетенции органов исполнительной государственной власти области, не входящие в компетенцию губернатора области и областной Думы. Председатель правительства субъекта РФ назначается на должность и освобождается от должности главой администрации (Президентом, губернатором) субъекта РФ.
Правительство субъекта РФ осуществляет непосредственно либо через подчиненные и подведомственные организации руководство экономической, социально-культурной сферами и охраной общественного порядка в пределах территории субъекта РФ; определяет задачи, функции, порядок организации и деятельности подчиненных и подведомственных организаций; разрабатывает и обеспечивает осуществление мероприятий по совершенствованию системы отраслевого и межотраслевого управления; осуществляет взаимодействие с федеральными органами исполнительной власти, органами местного самоуправления и территориальными исполнительными органами государственной власти, а также более конкретные функции и полномочия в областях экономики, финансов, бюджета, ценообразования, управления государственной собственностью субъекта РФ; социально-бытового, социально-культурного обслуживания и социальной защиты населения; в сфере научно-технического прогресса, капитального строительства и других областях и сферах жизнедеятельности общества.
Структурными элементами системы органов исполнительной государственной власти субъектов РФ выступают также министерства, комитеты, управления и иные органы исполнительной государственной власти субъекта Федерации отраслевой и межотраслевой компетенции.
Отраслевые исполнительные органы государственной власти осуществляют руководство одной из отраслей в экономической или социально-культурной области жизнедеятельности данного, субъекта и несут ответственность за состояние и развитие порученных им отраслей управления, уровень их научно-технического обеспечения, за удовлетворение потребностей населения в соответствующих видах продукции и наполнение рынка товаров и услуг.
Межотраслевые исполнительные органы государственной власти субъекта РФ осуществляют координационно-регулирующие, контрольно-разрешительные и иные общеуправленческие функции в отношении отраслевых исполнительных органов и подведомственных им организаций либо руководят несколькими экономическими или социально-культурными отраслями.
Отраслевые и межотраслевые министерства и иные ведомства разных наименований как органы государственной исполнительной власти соответствующего субъекта РФ подведомственны и подконтрольны в своей деятельности высшему должностному лицу субъекта РФ (президенту, главе администрации, губернатору) и возглавляемому им высшему исполнительному органу государственной власти — Правительству субъекта РФ, которые их формируют и устанавливают их компетенцию посредством утверждения Положений об этих органах.
Руководители министерств и ведомств субъекта РФ в пределах своей компетенции издают на основании и во исполнение законодательства — федерального и субъекта РФ, приказы, распоряжения и организуют контроль за их исполнением. В случае необходимости принятия нормативных правовых актов общего значения, по вопросам, входящим в предметы их ведения, они разрабатывают соответствующие проекты и вносят их на рассмотрение главы администрации (губернатора) или правительства данного субъекта РФ по принадлежности. Приказы, распоряжения и иные акты управления руководителей этих органов исполнительной государственной власти могут быть отменены главой администрации (президентом, губернатором) субъекта РФ.
Исполнительные органы государственной власти субъекта РФ вправе также издавать по предметам их ведения акты рекомендательного характера для исполнительных органов местного самоуправления.
В систему исполнительных органов государственной власти субъекта РФ также входят территориальные исполнительные органы государственной власти субъекта РФ отраслевой или межотраслевой компетенции. Они осуществляют на определенной им территории соответственно функции внутриотраслевого управления или координационно-регулирующие, контрольные и иные специальные функции межотраслевого руководства.
Функции и полномочия территориального государственного управления в соответствующем субъекте РФ вместо или наряду с территориальными органами исполнительной государственной власти этого субъекта могут, осуществлять и органы местного самоуправления в случаях наделения их законами данного субъекта РФ отдельными государственными полномочиями.