Следственный изолятор создаётся, реорганизуется и ликвидируется Министром юстиции Российской Федерации. Лимит наполнения следственного изолятора также устанавливается Министром юстиции Российской Федерации.
В следственном изоляторе содержатся лица, в отношении которых избрана мера пресечения в виде заключения под стражу в порядке, установленном Уголовно-процессуальным кодексом Российской Федерации.
В следственном изоляторе могут быть оставлены либо переведены в следственный изолятор из исправительных учреждений осуждённые к лишению свободы для участия в следственных действиях, а также судебных разбирательствах в качестве свидетеля, потерпевшего, подозреваемого или обвиняемого в порядке, установленном Уголовно-исполнительным кодексом Российской Федерации.
В следственном изоляторе отбывают уголовное наказание в виде лишения свободы осужденные, оставленные для выполнения работ по хозяйственному обслуживанию этого учреждения, а также осужденные на срок не свыше шести месяцев, оставленные в следственном изоляторе с их письменного согласия. Исполнение иных видов наказания в следственном изоляторе запрещено.