Взаимодействуя со всеми ветвями власти, Президент имеет наиболее тесные контакты с властью исполнительной. Объем полномочий Президента по отношению к ней, а также широко распространенная практика решения им конкретных управленческих вопросов дают основание говорить о Президенте как о главе не только государства, но и исполнительной власти. Президент назначает Председателя Правительства РФ с одним только условием, что он получит на это согласие Государственной Думы. Президент обладает сильным оружием для давления на Думу в этом вопросе: после трехкратного отклонения представленных кандидатур он вправе распустить палату и назначить новые выборы, а Председателя Правительства назначить самостоятельно.
Президент полномочен назначать остальных членов Правительства. По предложению Председателя Правительства он назначает на должность и освобождает от должности заместителей Председателя Правительства, федеральных министров. Согласия Государственной Думы на проведение кадровых перестановок не требуется.
Президент вправе председательствовать на заседаниях Правительства. В отдельных случаях он может взять руководство им на себя, давать непосредственно поручения и указания всем членам Правительства. Не позднее недельного срока после назначения Председатель Правительства обязан представить Президенту предложения о структуре федеральных органов государственной власти, утверждение которой главой государства ложится в основу всех назначений на должности.
Ключевым полномочием во взаимоотношениях Президента и Правительства является его право принять решение об отставке Правительства. Конституция не устанавливает причины, по которым Президент полномочен принять решение об отставке Правительства. Оно может быть принято в силу не результативности проводимой Правительством социально-экономической политики, необходимости значительных персональных перестановок в нем, каких-либо политических соображений. Конституция не устанавливает временных ограничений для использования этого полномочия Президентом.
Взаимодействие Президента и Правительства регламентируется Указом от 26 ноября 2001 г., в котором названы постановления и распоряжения Правительства, требующие предварительного согласования с Администрацией Президента РФ.
Роль Президента как руководителя исполнительной власти проявляется не только в его взаимоотношениях с Правительством. Согласно п. «к» ст. 83 Конституции глава государства назначает и освобождает своих полномочных представителей. В Конституции не уточняется, о каких именно представителях идет речь. Президент назначает своих представителей в федеральные округа, каждый из которых включает несколько субъектов Федерации. Полноценные контакты Президента с палатами парламента должны обеспечивать его полномочные представители в Федеральном Собрании. Имеется представитель Президента и в Конституционном Суде РФ.
Президент вправе приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов Федерации в случаях их противоречия Конституции РФ и федеральным законам, международным обязательствам России, нарушения прав и свобод человека и гражданина до решения данного вопроса соответствующим судом.
Нормальное функционирование исполнительной власти обеспечивает и право Президента формировать свою Администрацию, которая выполняет функции аппарата главы государства. В Администрацию входят; ее руководитель, его заместители, заведующий канцелярией Президента, руководитель протокола Президента и пресс-секретаря Президента, полномочные представители Президента. В составе Администрации находятся также главные управления Президента, аппарат Совета безопасности РФ, иные подразделения. В Администрацию могут входить государственные органы, руководство которыми осуществляет непосредственно Президент.
К отмеченным полномочиям Президента примыкает его право решающего влияния на назначение Председателя Центрального банка РФ, хотя этот орган в структуру исполнительной власти не входит, занимая автономное положение. Президент единолично определяет и представляет Государственной Думе кандидатуру на должность Председателя Центрального банка РФ и ставит вопрос перед Думой об его освобождении от должности. Если же Дума не утверждает кандидатуру, предложенную Президентом, то последний может назначить свою кандидатуру исполняющим обязанности Председателя Центрального банка РФ, а затем снова предложить эту кандидатуру думе. Следовательно, никакой орган не имеет инициативного права в этом вопросе, кроме Президента.