Как глава государства Президент наделен рядом важных полномочий в этой сфере. Согласно п. «ж» ст. 83 Конституции он формирует и возглавляет Совет безопасности. Этот орган рассматривает вопросы внутренней и внешней политики России, касающиеся государственной, экономической, оборонной, экологической, иной безопасности, вырабатывает единую концепцию национальной безопасности страны, координирует деятельность иных государственных структур, занимающихся обеспечением безопасности. В военной области полномочия Президента достаточно широки. Он является Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами РФ, утверждает военную доктрину Российской Федерации, назначает и освобождает высшее командование Вооруженных Сил РФ. Военная доктрина является составной частью концепции безопасности РФ. Она представляет собой систему официально принятых в государстве взглядов, определяющих военно- политические, военно-стратегические и военно-экономические основы обеспечения военной безопасности России. Положение Верховного Главнокомандующего позволяет Президенту отдавать любые приказы Министерству обороны, министр обороны работает под непосредственным руководством Президента. Президент вправе в любой момент взять на себя командование Вооруженными Силами в случае войны или угрозы агрессии. Организация воинских формирований в Российской Федерации строится на четком принципе, согласно которому эти формирования могут быть только общефедеральными и подчиненными Президенту РФ, ни один субъект РФ не вправе создавать собственные воинские формирования. В случае агрессии против России или ее непосредственной угрозы Президент вводит на территории РФ или в отдельных ее местностях военное положение с незамедлительным сообщением об этом Совету Федерации и Государственной думе. Но объявить состояние войны Президент не вправе. Конституцией РФ предусмотрено, что режим военного положения определяется федеральным конституционным законом.
Угроза безопасности России может возникнуть не только в связи с военной агрессией, но и в силу внутренних причин (экологические катастрофы, природные, стихийные бедствия, массовые беспорядки). В этих случаях Президент вводит на территории Российской Федерации или в отдельных ее местностях чрезвычайное положение с незамедлительным сообщением об этом Совету Федерации и Государственной Думе.