Индийская традиция и историки индийской философии соединяют йогу в пару с санкхьей на основании исторических и содержательных связей (шесть ортодоксальных систем обычно называются попарно: 1) санкхья и йога, 2) ньяя и вайшешика, 3) веданта и миманса). Среди специалистов господствует всеобщее мнение о том, что йога в своей философии основывается на системе санкхья. Например, один из позднейших исследователей, Радхакришнан, пишет: "Патанджали систематизировал понятия йоги и изложил их, опираясь на метафизику санкхьи, заимствованную с незначительными изменениями". Фрауволльнер утверждает, что внутри санкхьи изначально возникли два разных направления: наряду с философской школой, которая двигалась в русле логико-теоретического познания, возник другой путь – путь йоги. Йога Патанджали, по его мнению, и есть этой древней школой санкхьи. Дасгупта занимает более осторожную позицию. На основании большого сходства теоретических разделов йоги и санкхьи он утверждает, что их можно считать двумя разновидностями одной системы мысли. А затем добавляет: "Поэтому я нередко позволяю себе объяснять йогу через обращение и идеям санкхьи". Я, со своей стороны, позволю себе назвать это "сомнительным методом", поскольку на практике он, объясняя йогу, прибегает к трудам классической санкхьи.
Важнейшие философские основы и онтологические термины санкхьи и йоги можно найти уже в упанишадах, особенно в "Катхе", "Шветашватаре" и "Майтрейе". Кейт пишет: "В санкхье немного таких положений, которые бы нельзя было отыскать в тех или иных упанишадах". Это относится и к йоге, с той только разницей в пользу последней, что отдельные ее аспекты можно найти в старших упанишадах и в еще более ранних текстах, относимых к Ведам; существуют даже попытки выявить ее начала в до-арийской эпохе.
Школы философско-практической (а не только практической) йоги могут быть такими же древними, как и школы санкхьи, если не древнее.