Тела преганглионарных парасимпатических нейронов залегают в двух отделах ЦНС: стволе мозга и крестцовом отделе спинного мозга.
Тела постганглионарных нейронов располагаются либо внутри органов-мишеней (во внутриорганных, или интрамуральных ганглиях), либо непосредственно рядом с ними (в околоорганных, или параорганных ганглиях).
Стволовой отдел парасимпатической нервной системы иннервирует все внутренние органы, кроме органов малого таза. Главным стволовым парасимпатическим нервом является блуждающий; другие черепные нервы (языкоглоточный и др.) иннервируют органы головы и шеи. Крестцовый отдел иннервирует органы малого таза.