Для доказательства животного происхождения человека используют так называемый "тройной метод изучения филогенеза", включающий данные и методы исследования трех наук: сравнительной анатомии, эмбриологии и палеонтологии.
Сравнительная анатомия в качестве доказательных критериев использует понятие гомологичных и аналогичных органов, наличие рудиментов и атавизмов. Гомологичными называются органы и структуры, имеющие единый план строения и общее происхождение, т.е. развивающиеся из одних и тех же эмбриональных зачатков, но выполняющие одинаковые или различные функции. Например, конечности всех позвоночных животных, органы кровеносной системы, нервной системы и т.д. Аналогичными называют такие органы и структуры, которые выполняют одинаковые функции, но отличаются по строению и происхождению. Например, крыло бабочки и крыло птицы. Рудиментарные органы - это такие образования, которые в процессе эволюции утратили свое первоначальное значение. Они есть у всех индивидуумов данного вида. В теле человека насчитывается свыше 90 рудиментов: копчик, аппендикс, слабо развитый волосяной покров, мышцы, поднимающие волос, двигающие ушную раковину, полулунная складка в углу глаза (остаток третьего века) и т.д.
Доказательством животного происхождения человека являются также атавизмы - проявление у потомков признаков, свойственных их отдаленным предкам, но отсутствующих у ближайших. В отличие от рудиментов атавизмы представляют собой отклонения от нормы. Атавизмы возникают вследствие сохранения у взрослых организмов признаков, которые закладывались в эмбриональном периоде, но не исчезли, как обычно, а остались на всю жизнь в результате нарушения процесса развития. Атавизмы могут проявляться в виде аномалий или уродств. Например, закладывающиеся в эмбриональном периоде несколько пар сосков не атрофируются, а сохраняются, возникает многососковость. Иногда сохраняется сплошной волосяной покров на всем теле. Атавизмы могут привести к тяжелым порокам развития: отверстие в межжелудочковой перегородке сердца, овальное отверстие между предсердиями, сохранившийся Боталлов проток - сосуд, соединяющий дугу аорты с легочной артерией.
О животном происхождении человека свидетельствуют данные эмбриологии. Сравнительная эмбриология изучает эмбриональное развитие организмов различных систематических групп. Сходство гаметогенеза, наличие в развитии одноклеточной стадии (зиготы), сходство зародышей на ранних этапах развития, связь между индивидуальным и историческим развитием свидетельствуют о единстве мира живых организмов.
На ранних этапах развития у зародыша человека имеются признаки, характерные для низших позвоночных: хрящевой скелет, жаберные дуги, симметричное отхождение сосудов от сердца, гладкая поверхность мозга. Позже появляются черты, характерные для млекопитающих: густой волосяной покров на теле плода, несколько пар сосков. Как и все млекопитающие, человек имеет левую дугу аорты, постоянную температуру тела, диафрагму, разделяющую грудную и брюшную полости тела. Зрелые эритроциты лишены ядер, сменяемые дифференцированные зубы.
Большое сходство отмечается в скелете: у человека нет ни одной кости, которой бы не было у млекопитающих. В скелете у человека 7 шейных позвонков, два мыщелка затылочной кости для сочленения с позвоночным столбом. Во внутреннем ухе есть три слуховые косточки, свойственные всем млекопитающим.
Эмбриональное развитие человека и других млекопитающих проходит одни и те же стадии: зиготы, дробления, образования бластулы и гаструлы, гисто- и органогенеза. На основании эмбриологических данных К. Бэр (1792-1867) сформулировал закон зародышевого сходства. При изучении эмбрионального развития разных групп позвоночных было обнаружено, что сначала появляются общие признаки типа, затем последовательно класса, отряда, вида. Э. Геккель (1834-1919) высказал мысль, что это сходство имеет эволюционное значение. Он сформулировал основной биогенетический закон (закон рекапитуляции). Согласно этому закону, "онтогенез любого организма повторяет некоторые этапы филогенеза", т.е. в своем эмбриональном развитии зародыш как бы кратко проходит исторический путь, проделанный данной группой животных.
Палеонтология - наука об ископаемых остатках прежней жизни. Палеонтология выявляет сходство и различие вымерших организмов с современными. Такое сопоставление убедительно свидетельствует об изменении органического мира во времени. Данные палеонтологии дают большой материал о преемственных связях между систематическими группами. Доказательствами морфологической эволюции человека являются ископаемые формы приматов.
Человек имеет большое анатомо-физиологическое сходство с высшими человекообразными обезьянами: относительно крупные размеры тела, редукция хвостового отдела позвоночника, строение кисти, папиллярный рисунок на пальцах, ладонях и стопах, наличие ногтей, одинаковая зубная формула, состоящая из 32 зубов. У обезьян и человека одинаковые группы крови. Высшие антропоморфные обезьяны имеют хорошо развитый головной мозг, масса которого достигает 420-480 г., наблюдается сходство и по строению коры больших полушарий (большое количество извилин).
Уже в начале 20 века стало известно, что кровь человека, введенная в сосуды шимпанзе, не оказывает на ее организм вредного действия, а при введении крови человека другим животным наблюдается тромбоз сосудов вследствие несовместимости.
Для высших антропоморфных обезьян характерна сложная высшая нервная деятельность, быстрое образование рефлексов, наличие в зачаточной форме способности к абстрагированию. У самок имеются месячные менструальные циклы, продолжительность беременности у шимпанзе и гориллы около 9 месяцев, вскармливание детенышей длится около года, половое созревание наступает к 8-12 годам.
Обезьяны болеют теми же болезнями, что и человек (брюшной тиф, оспа, сифилис, туберкулез, грипп), у них живут человеческие паразиты, (человеческая аскарида, вошь, малярийный плазмодий - возбудитель малярии и др.).
Генетические исследования позволили выявить большое сходство в кариотипах (совокупность всех хромосом в диплоидном ядре) человека и обезьян. Из 23 пар хромосом человека 13 практически одинаковы с хромосомами шимпанзе, у гориллы 10 сходных, совпадает и расположение флюоресцирующих дисков (после обработки акрихиновыми красителями), причем из всех хромосом наиболее ярким свечением отличается У-хромосома, благодаря чему ее легко отличить.
Развитие молекулярной биологии представило новые доказательства родственной близости человека с антропоморфными обезьянами, свидетельствующее об общности происхождения. Впервые исследования по биохимической систематике были начаты еще в 30-40 годы в МГУ академиком А.Н. Белозерским и его учениками. Развитие этих идей в дальнейшем привело к получению интересных данных с помощью метода молекулярной гибридизации. Оказалось, что процент сходных генов у человека и гиббона - 76, у человека и макаки-резуса 66.
Сравнение молекулярной структуры белков крови у человека и шимпанзе свидетельствует, что доля общих белков у человека с шимпанзе составляет 63%, с макакой - 48%.