Средневековая философия развивалась по пути постепенной рационализации. Если для ранней патристика разум и построенная на нем философия являются всего лишь средством достижения и обоснования веры, то для схоластики (от слов «школа», «учение») авторитет и вера служат скорее началом и средством, а философия и разум – концом и целью. Характерная черта схоластики – использование подробных логических доказательств. В этот период сформировались два противоборствующих направления: реализм и номинализм. Суть их разногласий состояла в различном понимании универсалий (общих понятий). Реалисты считали их реально существующими прообразами вещей, продолжая тем самым платоническую традицию. Номиналисты утверждали, напротив, что действительным существованием обладают лишь единичные вещи, а универсалии – это всего лишь имена вещей, «колебания голоса». Нетрудно заметить, что номиналисты склонялись к материалистическому пониманию мира, которое они в доступной им форме пытались провести в средневековой теологии, исходящей из идеи божественного творения.
Наиболее яркий представитель средневековой схоластики, по своей значимости и влиянию стоящий в одном ряду с Августином – итальянский философ-теолог Фома Аквинский. Основные усилия Фомы были направлены на рационализацию христианской теологии с помощью творческого переосмысления философии Аристотеля. В отличие от абстрактного умозрения Ансельма, Фома выводит бытие Бога из бытия самих вещей, полагая, что творение свидетельствует о Творце. Его принцип – «понимаю, чтобы верить». Наиболее известное сочинение Фомы Аквинского – «Теологическая сумма», систематизирующая христианское вероучение на основании логики и здравого смысла. По Фоме, человеческая душа, будучи изначальной и нематериальной, получает свое завершающее оформление только в человеческом теле, которое имеет, таким образом, важное значение и не является простой материальной оболочкой. Распространение в христианской Европе аристотелевской философии происходило также благодаря последователям арабского философа Аверроэса (Ибн Рущда). Они поддерживали концепцию двойственной истины, в соответствии которой на противоречия веры и разума не стоит обращать внимания, поскольку они выражают разные истины, теологическую и философскую. Фома Аквинский утверждал в ответ на это, что истина может быть сверхразумной, но не может быть противоразумной.