Існують й негативні впливи інформатизації на управлінську практику. Широке застосування ЕОМ гостро порушує питання захисту інформації від руйнування, перекручування, від несанкціонованого використання усупереч волі власника. Комп'ютерна злочинність (чи порушення норм користування інформацією, закладеною в АРМ) у західних промислово розвитих країнах досягла значних розмірів. Збиток від одного комп'ютерного злочину коливається в межах від 450 тис. до 1 мільярда доларів. Щорічні втрати деяких фірм США від цього виду злочинності досягають 5 мільярдів доларів. Офіційна статистика свідчить про щорічний ріст комп'ютерної злочинності.
Такі злочини найчастіше роблять службовці самих установ - фахівці з інформатики. Наприкінці 70-х років програміст за допомогою комп'ютера проникнув через телефонну мережу в комп'ютерну систему банку, видав команду перевести визначену суму на свій рахунок у Нью-Йорку.
Сьогодні подібні випадки нелегального втручання в інформаційну систему перетворилися в систему. Так, група «технопіратів» з Німеччини зуміла проникнути в комп'ютерну систему НАСА (США) і маніпулювати за своїм розсудом банками даних з конфіденційною інформацією. У результаті наказу «технопіратів» один з космічних супутників відхилився від своєї орбіти.
Ще більш серйозна погроза «електронного піратства» зв'язана з монополією окремих держав на виробництво і передачу обчислювальної техніки з розробленим програмним забезпеченням. Справою техніки є можливість практично безболісно заволодіти секретною інформацією і викликати інформаційний хаос.
Існує ряд способів проникнення в комп'ютерні мережі. Зокрема, для порушення роботи автоматизованої системи по каналах зв'язку як перешкоду запускається «вірус». Введений один раз у ПК - первісну жертву, «вірус» поширюється на велику група і, можливо, на всю мережу.