Виділення анаеробних бактерій вимагає застосування ряду селективних середовищ. Середовища готували extempore або у випадку, якщо вони були приготовані напередодні, зберігали їх в анаеробних умовах.
Грамнегативні неспороутворюючі облігатно анаеробні бактерії виділяли на Колумбія агарі (основа) з додаванням 100 мг/л канаміцину, 7,5 мг/мл ванкоміцину, 1,5 мг/л вітаміну К3 (менадіон), а також 5% еритроцитів барана. Ці середовища дозволяють культивувати бактерії, що відносяться до родів Bacteroides, Prevotella.
Бактерії роду Fusobacterium ізолювали на середовищі Колумбія агар (основа), в яке у якості селективних компонентів вносили 3,2 мг/л кристалічного фіолетового, 5 мг/л еритроміцину та 5% еритроцитів барана. При обліку результатів проводили макроскопічне та мікроскопічне вивчення ізольованих колоній, їх підрахунок і пересів кожної типової колонії на дві чашки з Колумбія агаром без антибіотиків, але з додаванням вітаміну К3 з метою виділення чистої культури бактерій, а також пересів на тіогліколеве середовище для анаеробів з індикатором анаеробних умов – резазурином. Одну із чашок з пересіяними на нього клітинами із окремої колонії і пробірку з рідким середовищем, у яку також паралельно пересівали клітини із цієї колонії, інкубували в анаеробних умовах при 37 °С протягом 48 годин. Другу чашку, з пересіяним на нього матеріалом із колонії, інкубували в аеробних умовах з метою встановлення приналежності мікроорганізмів до строгих чи факультативних анаеробів. Пересів у рідке середовище проводили з метою вивчення культуральних властивостей бактерій, а також для збереження чистої культури виділених штамів, так як деякі види можуть не рости при повторному пересіві на тверді середовища. Після інкубування добові культури мікроскопували з метою підтвердження їх чистоти, в іншому випадку проводили повторний посів на тверді поживні середовища для одержання ізольованих колоній. Після одержання чистої культури бактерій і підтвердження приналежності до облігатних анаеробів проводили їх ідентифікацію.
Ідентифікацію строго анаеробних грамнегативних бактерій проводили за наступними характеристиками: ріст у присутності жовчі (5 мг), брильянтового зеленого (100 мкг), канаміцину (1000 мкг), зброджування глюкози, наявності чорного пігменту.
Бактерії роду Bacteroides зброджували глюкозу і росли у присутності жовчі і канаміцину, але інгібувалися брильянтовим зеленим.
Бактерії роду Prevotella не росли у присутності жовчі і брильянтового зеленого, але були резистентні до канаміцину. Так само, як і бактерії роду Bacteroides, вони володіли високою сахаролітичною активністю. Деякі види утворювали чорний пігмент на кров’яних середовищах через 5–7 днів інкубації.
Бактерії роду Fusobacterium інгібувалися жовчю і канаміцином, але були стійкі до брильянтового зеленого. Ще одним диференціальним критерієм для ідентифікації бактерій даного роду від бактерій роду Bacteroides була відсутність росту на середовищі з фосфоміцином (300 мкг/мл) [29, 37].
Подальшу ідентифікацію проводили за допомогою тест-систем API 20A, Франція.