Мікробіологічну лабораторію потрібно утримувати у чистоті. В ній не повинні знаходитись сторонні предмети. Слід регулярно проводити гігієнічні прибирання лабораторних приміщень. Забезпечити повну стерильність лабораторії практично неможливо і це не завжди необхідно. В мікробіологічній практиці з метою знищення мікроорганізмів в повітрі і на різних предметах застосовують методи дезінфекції. Підлогу, стіни, меблі в мікробіологічній лабораторії протирають розчинами дезінфікуючих речовин. В якості дезінфікуючих розчинів найчастіше використовують 2-3%-ий розчин соди (бікарбонату натрію), 3-5%-ий розчин фенолу, 0,5-3% ий розчин хлораміну.
Температуру повітря в лабораторії необхідно підтримувати в межах 18-21 оС. Повітря в лабораторії найчастіше очищують провітрюванням. Тривала вентиляція приміщення через кватирку (не менше 30-50 хв) приводить до різкого зниження кількості мікроорганізмів у повітрі, особливо при значній різниці температур. Більш ефективним і поширенішим є метол дезінфекції повітря опроміненням УФ-променями з довжиною хвилі від 200 до 400 нм.
Робоче місце, де безпосередньо проводиться робота з культурами мікроорганізмів потребує особливо ретельної обробки. Робочий стіл слід дезінфікувати не тільки до початку роботи, але і після її закінчення. Для протирання поверхні стола можна використовувати розчин хлораміну, а також 70%-ні (за об’ємом) розчини ізопропілового чи етилового спиртів. Спирти досить ефективні по відношенню до вегетативних форм мікроорганізмів. Названі спирти можна також використовувати для дезінфекції рук.
В лабораторії не дозволяється їсти, пити, курити.
Працювати слід в халатах.