Відомо, що мікроорганізми можуть набувати стійкості до діючих на них речовин. Здатність мікроорганізмів зі збільшенням частоти впливів витримувати вищі концентрації антимікробних речовин називають резистентністю. При цьому розрізняють адаптаційну (неспадкову) і мутаційну (спадкову) резистентність. Перша зникає, якщо припиняється дія антимікробної речовини. У другому випадку стійкість залишається і після припинення впливу антимікробної речовини. Відомою медичною проблемою, зокрема, є стійкість бактерій до антибіотиків.
Не слід ототожнювати поняття стійкості мікроорганізму з відсутністю (або наявністю лише слабкої) інгібуючої дії речовини або зі здатністю мікроорганізму до руйнування антимікробної речовини.
Вивчено виникнення резистентності бактерій і грибів до харчових консервантів, наприклад, при використанні тіабендазолу для збереження цитрусових. Описана стійкість бактерій Listeria monocytogenes Scott A до нізину. В останньому випадку причинами виникнення стійкості були суттєві структурні і функціональні зміни мембран і поява здатності бактерій руйнувати нізин [28].
Можливість формування швидкої стійкості до антибіотиків є однією з причин, чому їх не використовують як харчові консерванти. Якщо іноді антибіотики таки застосовуються в консервуванні, то тільки ті з них, які не використовуються в терапевтичних цілях [30].