После низвержения Исидора вставал вопрос ο способе замещения своей митрополичьей кафедры. Оба представителя высшего церковного авторитета - император Иоанн Палеолог и патриарх Митрофан были униатами. Отвергнув Исидора за унию, русские последовательно должны были разорвать союз с униатской церковью Константинопольской. Но на это у них не хватало мужества. Решили поставить митрополита самостоятельно, но сохранить видимость формального единения с Константинополем. Просьба великого князя состояла в том, чтобы дозволено было русским совершенно независимо от патриарха поставить митрополита домашним собором епископов. Из Константинополя не было получено никакого ответа. Самостоятельное поставление митрополита состоялось в 1448 г. Возникла опасность, что на Русь снова может вернуться изгнанный Исидор. Боясь такой перспективы, в Москве собором русских епископов поставили 15 декабря 1448 года митрополитом давно нареченного на этот пост рязанского епископа Иону. Обстоятельства сложились для русских так, что Константинополь должен был молчаливо признать правильность поставления Ионы. Когда Константин в 1451 г. формально восстановил у себя православие, но вскоре снова вступил в унию. . 29 мая 1453 г. Константинополь был взят турками.
Митрополит Иона (1448-1461 гг.).Иона принимал участие в борьбе московского князя Василия Васильевича из-за великого княжения с Дмитрием, писал Шемяке от лица всего русского духовенства смирительную грамоту с угрозой церковного отлучения, такие же грамоты разослал к сторонникам Шемяки. Его стараниями произошло торжественное причтение к лику святых митр. Алексия, нетленные мощи которого были найдены по случаю постройки церкви в Чудовом монастыре. Хотя Иона и был в полном смысле ставленником Москвы, но продолжал некоторое время быть фактическим митрополитом всея Руси. Но об утверждении своей власти над литовской половиной митрополии он должен был предварительно особо позаботиться. Решаясь на это поставление, великий князь Василий Васильевич сносился с великим князем литовским и вместе с королем польским Казимиром (1440-1492) и только по получении от него согласия, созвал собор, рукоположивший Иону. Только в 1449 г. митр. Иона, пользуясь состоявшимся между Казимиром и Москвой мирным договором, выхлопотал у повелителя Литвы право фактического управления литовско-русскими епархиями. Но специальные ходатайства Ионы ο подчинении ему галицких епархий Казимир оставил без последствий.
Окончательное разделение Русской митрополии (1458 г.).Десять лет Иона управлял митрополией "всея Руси." Но в 1458 г. литовская половина отторгнута из-под его власти.
В Риме считали Исидора законным первосвятителем Руси, а Иону - узурпатором. Отношения Литвы и Польши, соединенных под властью Казимира, были натянутыми, что приближались к разрыву. Папа Каллист III добился в 1458 г., что Казимир согласился на отнятие Литвы у Ионы и передачу ее Исидору. Исидор был уже стар и не захотел идти на Русь сам, для фактического управления литовско-русской церковью назначил Григория, который и был посвящен в сан митрополита русского в Риме. В Москве попытались употребить все средства для сохранения старого положения. Король Казимир, в увлечении успехами Григория, дошел до предложения московскому князю Василию Васильевичу принять Григория на Москву на место Ионы. Если и прежде существовали причины для разделения то теперь, когда начинается на Руси ряд митрополитов, избираемых и поставляемых в Москве, по воле одного московского князя, политика литовско-польских государей не могла помириться с таким положением дел, и разделение русской митрополии должно было произойти неизбежно.
Феодосий (1461 - 1464 гг.). Поставив второго митрополита без согласия греков, на Руси стали активно выдвигать тезис о повреждении православия в Константинополе и сохранении его в чистом виде у русских. Kо времени поставления Феодосия, у русских не было с полной отчетливостью формулировано убеждение в переходе веемирно-исторической миссии византийского православного царства на Москву, тем не менее оно уже существовало, как вполне сложившееся, и настойчиво высказывалось по разным поводам.