Последний митрополит в царствование Ивана, Дионисий, был более твердым, да и его эра приходится на послеопричный период и снижение террора. Он возвел на царство Федора Ивановича, а затем, полагая царицу Ирину, сестру Годунова, бесплодной и поддерживая Шуйских против Годунова, пытался уговорить царя развестись с женой, чтобы дать России наследника. Годунов развернул гонения на Шуйских. Дионисий заступился, обличил Годунова в тирании и требовал у царя его смещения, но Годунов оказался ему не по зубам, и Дионисий был свергнут в 1587 г., заменен ставленником Годунова Новом, который станет и первым русским патриархом. Никогда до того авторитет владык не был так принижен на Руси, как в эти три последние десятилетия XVI века, когда они фактически превратились во временщиков сначала царя, а потом во временщиков временщика.
Только в Смутное время, когда Церковь возглавит борьбу за независимость, ее авторитет взойдет на должную высоту.
Самым важным церковным событием царствования Федора и правления Годунова было учреждение русского патриаршества. В 1588 г. в Москву за милостыней на свою разоренную турками патриархию прибыл патриарх Вселенский Иеремия II. Встреченный с большим почетом, патриарх был фактически помещен под домашний арест - ему было дано знать, что не видать ему своей резиденции, пока он не утвердит в России патриаршества. Иеремия предложил: он просто переселится в Москву, как бы сделав ее временной резиденцией Вселенского престола. В таком случае учредить его резиденцию полагали лишь во Владимире, а не в Москве. На это Иеремия возразил, что патриарх должен быть рядом с царем. В конце концов, в 1589 г. он согласился возвести правящего митрополита Иова в патриарха Московского и веся Руси. Позднее это было утверждено грамотой всех восточных патриархов, по которой Москва заняла пятое место по старшинству, сразу после восточных патриархов; и с этим смирилась, хотя по численности паствы и значению в православном мире ей подобало бы первое место,
Но от возвышения статуса Русской Церкви в патриархию внутреннее положение ее крепче не стало. Иов был ставленником Годуновых. Как только Годунов умер, а его сын был убит, в Москву вошел Самозванец. Иов отказавшийся признать Самозванца Дмитрием, встретить его подобающим образом, а тем более - короновать, был смещен и отправлен в монастырь. Все остальные русские архиереи покорно подчинились Лжедмитрию. Самозванец вызвал из монастырского заключения и возвел в митрополита Филарета, в миру Федора Никитича Романова, племянника царицы Анастасии Романовны, который был насильно пострижен Годуновым за участие в заговоре против него. По выбору Лжедмитрия на патриарший стол Собором архиереев был возведен грек Игнатий, архиепископ Рязанский. Тот был согнан с престола после свержения Самозванца в 1606 г., и на его место возведен ставленник нового царя - Василия Шуйского -митрополит Казанский Гермоген. Это ученик и преемник Казанского архиепископа-миссионера Германа. Гермоген стал первымКазанским митрополитом после установления патриаршества в России в 1589 г. Патриаршество Гермогена падает на 1606-1612 гг. -самый разгар Смутного времени, национального распада и разброда. Патриарх рассылает по епархиям письма - призывы к национальному единству, стоянию за веру. противостоянию иноплеменным завоевателям Не прекращает он этой деятельности и после захвата Москвы поляками, за что польские власти сажают его в кремлевскую подземную темницу. Оттуда он продолжает рассылать патриотические воззвания к национальному восстанию. В темнице он умирает от голода в 1612 г.. почти накануне освобождения Москвы ополчением Минина и Пожарского.