После Смуты светская власть приобретает все большее значение. При патриархе Иоасафе I (1634-1640 гг.) положение патриарха изменилось. Исчез титул "Великий Государь." Патриарх стал именоваться просто "Великий Господин." В царских бумагах уже рядом с царем больше не стояло имя патриарха. Даже в некоторых распоряжениях царя по делам церковным не упоминалось имя патриарха. Но иногда по старой теократической традиции царь по чисто государственным делам обращался за советом к патриарху.
При патриархе Иосифе (1642-1652 гг.) вновь ожила мечта о Москве, как о Третьем Риме. Решено усилить духовный престиж Москвы, стягивая в нее из провинциальных городов всю красу и гордость тамошнего духовенства, особенно речистых и популярных пастырей - проповедников. Надо было воочию всем показать духовную силу и блеск Третьего Рима. Предполагалось упорядочить обрядовый вопрос, исправить богослужебные книги, ввести в церквах всякое благочиние, учредить школы. В Москву съехались Аввакум из Юрьевца - Повольского (т. е. Поволжского, Нижегородско-Костромской край), Лазарь из Романова-Борисоглебска (тоже с Волги, под Костромой), Даниил из самой Костромы, Логгин из Мурома. К кружку привлечен и архимандрит Никон, прибывший с посольством из Соловков и оставленный на Москве по воле царя. Царь Алексей пришел к выводу, что Москве нельзя возвеличиться, отгородившись китайской стеной от мира, что киевская ученость - восточная, греческая и православная, что пора ею вооружиться. Царь решил приступить к пересадке киевской учености в Москву.
Внутренний конфликт в идеологии "Москва - III Рим."
Сила низового народного общественного мнения в древней Руси была велика. Теократическая идеология "единого вселенского православного царя всех христиан" толкала московских царей на пути сближения с греками и всеми другими православными. А доморощенная Москва не пускала своих царей на вселенское поприще. Отсюда вышел старообрядческий раскол. Коренная русская среда, московская и провинциальная, не увлекалась никакими мировыми горизонтами и мечтой о кресте на куполе Св. Софии, отрицательно отнеслась к вновь пришедшим ученым чужакам. Гордому церковному москвичу отвратна была фигура православных киевлян. С досадой чувствовали москвичи, что южно-русским собратьям чужда глубокая затаенная мечта москвичей о воплощении наяву идеала Москвы - Третьего Рима. На Руси постепенно формируется два понимания идеологии «Святой Руси»: 1. интравертная, предполагавшая исключительно защиту самой России от внешней опасности как единственной истинно православной державы и вместилище подлинной веры; 2. экстравертная, исходившая из тезиса о Москве – Третьем Риме, подразумевавшем вселенский характер московского царства и необходимость повсеместной защиты интересов истинной православной веры и народов, ее исповедующих, подталкивавшей к идее возвращения Константинополя и воссоздания Греческой империи.
как о судьбах государства, так и о судьбах церкви. Алексей Михайлович понимал свой долг как восприятие на себя и на русскую церковь византийского теократического наследия. Он хотел во всем уподобиться греческим басилевсам, как истинный царь православия. Алексей Михайлович начинал верить, что наступают сроки, когда Россия приблизится к Босфору и когда III Рим возродится в самом Царьграде. Эти мысли через разговоры посольских людей не утаились от греков. И если не в Константинополе, то на Афоне и у св. Гроба греки иногда благосклонно поддакивали русским в этих мечтах, вожделея освободиться от ига ислама. В письменном заявлении бывшего Константинопольского патриарха Афанасия Пателара, приехавшего в Москву в 1653 г., утверждалось, что для православных греков русский православный царь есть столп твердый и утверждение вере и помощник в бедах и прибежище нам и освобождение. В круге таких идей "огречивание" русского церковного чина приобретало особый смысл. Более ясно мыслившие о междуцерковных возможностях ученые киевские церковники именно представляли, что сближение в обряде с греками приблизит и политическое объединение православных народов под московским царем. В таких широких планах царь Алексей Михайлович и решил повести как книжную, так и обрядовую справу, через людей греческого образования. Некоторым толчком к продвижению вопроса явился приезд в Москву в 1649 г. Решено было, ради точного изучения не только новых, а и древних греческих чинов, собрать на Восток наиболее древние греческие рукописи, а заодно произвести наблюдение и над современной богослужебной практикой.
На этом фоне вновь поднимается вопрос о священстве и царстве. По Никону Священство выше царства в силу превосходства его задач и правомочий, при сравнении двух величин. Царству поручено земное - низшее, священству небесное - высшее. Из библейского происхождения царства и священства Никон выводит их неравенство. Неравенство их усматривает Никон и в судьбах истории церкви. Священство - от самого Бога, и древнее и нынешнее, а не от царей. Пока такое отношение властей соблюдается, и царства стоят твердо. В поведении Алексея Михайловича Никон видит нарушение этого богоустановленного строя. Никон, как и неразумно спровоцированные им старообрядцы, встав по мнимым основаниям на эту точку зрения, не убоялся и крайних выводов из нее.